基因组注释包括以下方面的内容：

（1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。

（2） 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上，找出编码基因位置，预测编码基因结构。或者通过专业的外显子预测软件，预测编码基因的外显子结构。

（3） 小RNA基因的预测。通过比对已知的小RNA的数据库，或者通过生物信息学软件预测，找出这些小RNA基因，并进行分类。

（4） 调控序列和假基因的预测。

基因功能的注释，使用的数据库包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等，使用比对的方法，如blast，找出同源相近的基因，并注释功能。

基因组注释包括以下方面的内容：

（1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。

（2） 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上，找出编码基因位置，预测编码基因结构。或者通过专业的外显子预测软件，预测编码基因的外显子结构。

（3） 小RNA基因的预测。通过比对已知的小RNA的数据库，或者通过生物信息学软件预测，找出这些小RNA基因，并进行分类。

（4） 调控序列和假基因的预测。

基因功能的注释，使用的数据库包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等，使用比对的方法，如blast，找出同源相近的基因，并注释功能。