DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表观。 DNA甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记，胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要作用，目前已经成为表观遗传学和表观基因组学的研究热点。
Roche GS FLX Titanium 、Illumina Solexa GA IIx和AB SOLID 4均可以进行大规模DNA甲基化测序分析，由于Illumina Solexa GA IIx测序仪具有数据读取量大、成本低等优势， Illumina Solexa GA IIx测序仪在DNA甲基化测序方面得到广泛应用。
DNA甲基化测序可在全基因组水平上最大限度的、完整的获取甲基化状态信息和与基因表达调控的多重关系，可高效精确完成全基因组甲基化测序及高分辨DNA甲基化谱式绘制，并可对发现的靶点区进行甲基化特异性PCR验证。

甲基化测序对样品有什么要求？

答：（1） 请提供浓度≥10 ng/μg、总量≥200 ng、OD260/280为1.8~2.2的DNA样品；若单次富集的DNA量不够，建议将2~3次免疫沉淀的DNA合并在一起。
（2） 样品请置于1.5 ml管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管中，再将50 ml管放在封口袋中。为了防止低浓度样品黏附在离心管壁上，请使用non-stick tube运输DNA ；建议使用冰袋运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。

MeDIP富集DNA片段的流程？

答：甲基化DNA免疫沉淀法（Methylated DNA immunoprecipitation，MeDIP）是一种高效富集甲基化DNA的方法。主要通过与5mC特异性结合的抗体加入到变性的基因组DNA片段中，从而使甲基化的基因组片段免疫沉淀，形成富集。其流程如下（图1）：
（1）将基因组DNA超声打断成400-500bp片段；
（2）加热变性，使双链DNA片段解链形成单链DNA样品；
（3）向变性后的单链DNA样品中加入5’-甲基胞嘧啶抗体；
（4）使用亲和层析分离（3）步样品中的甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被洗脱。纯化得到甲基化DNA片段（MeDNA）。

甲基化测序文库构建方法？

答：通过使用5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段，并结合Solexa高通量测序平台进行甲基化测序，首先需要对所富集的DNA片段进行前处理，构建测序文库。其方法如下：（1）对富集的双链DNA进行末端修复；（2）将“A”碱基加入到DNA片段的3’末端；（3）使用特定的测序接头连接DNA片段两端；（4）纯化连接产物；（5）高保真聚合酶PCR扩增连上接头的DNA片段；（6）检测测序文库。

MeDIP-seq比其他的甲基化研究方法有什么优势？

 哪些因素会影响甲基化测序结果的质量？

答：由于进行DNA甲基化测序前，需要对样品进行DNA免疫沉淀富集，富集过程中反应条件是否合适，直接影响到富集甲基化DNA的量，另外还需要保证处理过程中测序样品无污染，否则会严重影响测序结果的质量；DNA免疫沉淀富集后，如果DNA的量过少，需要进行PCR扩增，PCR过程会产生偏差，影响样本甲基化结果的分析。