linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据

楼主  收藏   举报   帖子创建时间:  2018-02-16 00:00 回复:0 关注量:151

1、首先安装Aspera

参考《使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据》,保证该软件在服务器上已经可用。

测试代码,注意最后有个点,代表下载到当前目录下:

2、参考《Viewing and downloading tabular metadata with the SRA Run Selector》下载宏基因组数据对应的下载链接

6599286382098880054

下载后得到的链接地址如下:

3681129745522250759
做些修改,把ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov部分都去掉,只剩下文件路径,如下:
6599319367447711111

3、开始下载:


4、用SRA tools把SRA格式转换成fastq

下载tools https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/,linux版本,下载解压后可以直接使用,添加个环境变量即可。

命令:

5、OK,大功告成!

my test command:

原文来自:http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/13570581120144935013905