使用 L_RNA_scaffolder 进行转录组序列对基因组序列的 rescaffolding

楼主  收藏   举报   帖子创建时间:  2018-03-26 00:00 回复:1 关注量:155

1. L_RNA_scaffolder简介

L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torrent的测序结果,也可以是illumina测序的de novo组装结果。

在使用此软件进行scaffolding之前,需要将这些长的转录子序列使用BLAT软件map到基因组上,得到PSL(without heading)文件。将此PSL文件和基因组的初步组装结果文件输入到L_RNA_scaffolder,很快能得到结果文件。

2. L_RNA_scaffolder的安装

运行软件的主程序,不加参数给出帮助信息

3. L_RNA_scaffolder的使用

先使用blat,将转录子序列比对到基因组

再使用L_RNA_scaffolder.sh得到最终的基因组文件

最终的结果文件为./L_RNA_scaffolder_output/L_RNA_scaffolder.fasta

原文来自:http://www.chenlianfu.com/?p=2124

  • ***2heihei 2014-10-24 09:03
    #1

    你只要保证 blat 的时候加上 -noHead 的结果就不会出错了