使用 L_RNA_scaffolder 进行转录组序列对基因组序列的 rescaffolding
1. L_RNA_scaffolder简介
L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torrent的测序结果，也可以是illumina测序的de novo组装结果。
在使用此软件进行scaffolding之前，需要将这些长的转录子序列使用BLAT软件map到基因组上，得到PSL（without heading）文件。将此PSL文件和基因组的初步组装结果文件输入到L_RNA_scaffolder,很快能得到结果文件。
2. L_RNA_scaffolder的安装
1 2 3 | $ wget http://www.fishbrowser.org/software/L_RNA_scaffolder/downloads/L_RNA_scaffolder.tar.gz $ tar zxf L_RNA_scaffolder.tar.gz $ cd L_RNA_scaffolder |
运行软件的主程序，不加参数给出帮助信息
1 | $ ./L_RNA_scaffolder.sh |
3. L_RNA_scaffolder的使用
先使用blat，将转录子序列比对到基因组
1 | $ blat genome.fasta transcripts.fasta -noHead out.psl |
再使用L_RNA_scaffolder.sh得到最终的基因组文件
1 2 | $ mkdir L_RNA_scaffolder_output $ /opt/biosoft/L_RNA_scaffolder/L_RNA_scaffolder.sh -d /opt/biosoft/L_RNA_scaffolder/ -i out.psl -j genome.fasta -o ./L_RNA_scaffolder_output |
最终的结果文件为./L_RNA_scaffolder_output/L_RNA_scaffolder.fasta
原文来自：http://www.chenlianfu.com/?p=2124
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你只要保证 blat 的时候加上 -noHead 的结果就不会出错了