Mothur Linux上使用

楼主  收藏   举报   帖子创建时间:  2018-06-30 00:00 回复:1 关注量:110

一、安装

下载 http://www.mothur.org/wiki/Download_mothur, 我下载的是中间那个,但不知道最后一个的readline是干嘛的,有高手可以指点下。

下载后得到压缩文件Mothur_cen_64.zip,上传到服务器,解压:unzip Mothur_cen_64.zip,得到文件夹mothur,为了方便使用,可以将该文件夹的路径添加到环境变量中(编辑.bashrc文件)。

853995079440428159

二、运行方式

1、Interactive mode 交互式

在terminal输入mothur进入交互式界面,

2、Batch mode 批量运行模式

http://www.mothur.org/wiki/Batch_mode

把命令写到一个文件中batchfile

运行:

3、Command line mode 命令行模式

http://www.mothur.org/wiki/Command_line_mode

命令间用分号分隔,所有的命令用双引号括起来,且括号内的命令以#号开头

三、Analysis examples

http://www.mothur.org/wiki/Analysis_examples

1、MiSeq SOP (standard operating procedure)http://www.mothur.org/wiki/MiSeq_SOP

(1)paire end根据overlap合并

首先做一个文件包含如下内容

程序运行时需要调用libreadline.so.6,#很重要的,不要遗漏。该程序运行时需要调用libreadline.so.6动态链接库。

查看merge后reads的统计信息:

summary.seqs(fasta=stability.trim.contigs.fasta)

对merge后的reads进行过滤:

or

查看当前的有效对象:

原文来自:http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/135705811201453094227246

更多关于Mothur使用介绍:

1、Mothur处理454测序流程和命令

2、Mothur命令中文解释(Mothur中文简易教程)

  • ***1GGWW 2014-07-08 13:03
    #1

    请教一下,数据库文件放在哪里可保证被mothur随时调用?