本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。

由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。

软件环境

• 操作系统 ：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora等），最好有root权限，配置mysql。
• 数据库 ：Mysql（或者Mysql的分支MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果弄不到，可以参照我另一篇日志在没有Root权限的情况下安装Mysql。
• Java运行环境：一定要Oracle  JDK (6、7都行)，不要用OpenJDK！可参照我另一篇日志《Linux安装JDK》（内含没root权限时安装方法）。
• Local NCBI-Blast。

注：请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！安装oracle  jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。

手动准备数据

• godatabase: http://archive.geneontology.org/latest-full/ 目录下对应的go_XXXX-assocdb-data.gz
• gene_info.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
• gene2accession.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
• idmapping.tb.gz: ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz

2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。

3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。

为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：

导入数据库

1) 配置download_and_install.sh文件：

注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口，比如我的33060，否则无法导入idmapping.tb。

如果导入数据出现中断，切勿简单地重新运行download_and_install，请参照后面的章节进行操作。

2) 运行download_and_install.sh

由于非常费时，强烈推荐以下命令将任务转到后台

关闭ssh客户端后，任务仍然可以正常运行，通过查看nohup的默认日志文件nohup.out来观察数据导入的进度。

运行时间：

我的笔记本（Intel(R) Core(TM) i5-3320M CPU @ 2.60GHz双核四线程，硬盘7200 rpm）工作硬盘4921 RPM，CPU温度73.0°C 。%>_<%

go_201307-assocdb-data（约5小时）和idmapping.tb（约1.5小时）比较费事。

总共导入数据需要约7小时。

数据库各文件大小：

运行官方的例子b2g4pipe

下载 https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip并解压。配置b2gPipe.properties文件中b2gdb信息：

注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口。

运行自带例子：

不到一分钟运行结束。

运行图形界面

直接运行命令java -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO或者，将其写入文件：

运行脚本:

进入图形界面后，配置数据库：菜单栏点击“Tools”，最后一个“DB configuration"，更改Host为localhost，DB name为b2gdb，然后点击播放按钮生效，下次启动程序仍然有效。注意：如果是无root权限安装的MySQL，Host需要加上自定义的mysql端口，比如localhost:33060。

运行例子：菜单栏File->Import->Import Blast Results->One XML File，导入10_BlastResults_2011.xml，菜单栏Mapping->Run Go Mapping Step即可。运行一分钟左右完成。

数据库更新 ，导入数据中断的解决方案：

1）assocdb-data数据的更新：

下载解压新的assocdb-data文件后，注释download_and_install.sh中其它导入数据的命令，只保留第二步：

并运行download_and_install.sh。不用担心与旧的数据冲突，它们会被自动删除然后更新。

2）gene2accession、gene_info、idmapping.tb的更新：

由于它们是以导入数据文件的方式导入数据库，需要登陆到数据库中，手动清空对应的原来数据表中的数据：

注意，上面truncate table gi2uniprot花费0.00 sec是因为当时我还没有导入idmapping.tb，即gi2uniprot中还没有数据，所以速度很快。

3）用download_and_install导入数据时，如果出现中断，请参照上面“数据库各文件大小”核对数据文件大小，确认已导入和未导入的数据库，按照“数据库更新”的操作恢复导入过程，切勿简单地重新运行download_and_install。

参考

1. Blast2GO安装 http://blog.sciencenet.cn/blog-402211-629228.html
2. Blast2GO Documentation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
3. Local Blast2GO Database Installation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb
4. 其它无数Google出来的页面

-EOF-

本文转自 爪爪

《本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案》http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation/

本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。

由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。

软件环境

• 操作系统 ：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora等），最好有root权限，配置mysql。
• 数据库 ：Mysql（或者Mysql的分支MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果弄不到，可以参照我另一篇日志在没有Root权限的情况下安装Mysql。
• Java运行环境：一定要Oracle  JDK (6、7都行)，不要用OpenJDK！可参照我另一篇日志《Linux安装JDK》（内含没root权限时安装方法）。
• Local NCBI-Blast。

注：请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！安装oracle  jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。

手动准备数据

• godatabase: http://archive.geneontology.org/latest-full/ 目录下对应的go_XXXX-assocdb-data.gz
• gene_info.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
• gene2accession.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
• idmapping.tb.gz: ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz

2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。

3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。

为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：

导入数据库

1) 配置download_and_install.sh文件：

注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口，比如我的33060，否则无法导入idmapping.tb。

如果导入数据出现中断，切勿简单地重新运行download_and_install，请参照后面的章节进行操作。

2) 运行download_and_install.sh

由于非常费时，强烈推荐以下命令将任务转到后台

关闭ssh客户端后，任务仍然可以正常运行，通过查看nohup的默认日志文件nohup.out来观察数据导入的进度。

运行时间：

我的笔记本（Intel(R) Core(TM) i5-3320M CPU @ 2.60GHz双核四线程，硬盘7200 rpm）工作硬盘4921 RPM，CPU温度73.0°C 。%>_<%

go_201307-assocdb-data（约5小时）和idmapping.tb（约1.5小时）比较费事。

总共导入数据需要约7小时。

数据库各文件大小：

运行官方的例子b2g4pipe

下载 https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip并解压。配置b2gPipe.properties文件中b2gdb信息：

注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口。

运行自带例子：

不到一分钟运行结束。

运行图形界面

直接运行命令java -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO或者，将其写入文件：

运行脚本:

进入图形界面后，配置数据库：菜单栏点击“Tools”，最后一个“DB configuration"，更改Host为localhost，DB name为b2gdb，然后点击播放按钮生效，下次启动程序仍然有效。注意：如果是无root权限安装的MySQL，Host需要加上自定义的mysql端口，比如localhost:33060。

运行例子：菜单栏File->Import->Import Blast Results->One XML File，导入10_BlastResults_2011.xml，菜单栏Mapping->Run Go Mapping Step即可。运行一分钟左右完成。

数据库更新 ，导入数据中断的解决方案：

1）assocdb-data数据的更新：

下载解压新的assocdb-data文件后，注释download_and_install.sh中其它导入数据的命令，只保留第二步：

并运行download_and_install.sh。不用担心与旧的数据冲突，它们会被自动删除然后更新。

2）gene2accession、gene_info、idmapping.tb的更新：

由于它们是以导入数据文件的方式导入数据库，需要登陆到数据库中，手动清空对应的原来数据表中的数据：

注意，上面truncate table gi2uniprot花费0.00 sec是因为当时我还没有导入idmapping.tb，即gi2uniprot中还没有数据，所以速度很快。

3）用download_and_install导入数据时，如果出现中断，请参照上面“数据库各文件大小”核对数据文件大小，确认已导入和未导入的数据库，按照“数据库更新”的操作恢复导入过程，切勿简单地重新运行download_and_install。

参考

1. Blast2GO安装 http://blog.sciencenet.cn/blog-402211-629228.html
2. Blast2GO Documentation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
3. Local Blast2GO Database Installation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb
4. 其它无数Google出来的页面

-EOF-

本文转自 爪爪

《本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案》http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation/