推荐一款二代测序数据质量控制软件FastQC
随着测序价格不断降低，二代测序的应用现在可以说是如日中天了，Hiseq，Solexa，454等等。测序数据到手之后第一件要做的事情当然是看看数据测得怎么样了？一般测序机构提供测序数据的同时也会提供一份质量报告。但是一般这个报告的分析内容都比较简单。想看一个更完整的二代数据测序质量报告吗？看看FastQC这个软件吧。
下面先预览一下这个软件分析的效果图，再介绍一下这个软件的功能吧。
这是一个基于java的分析程序，可以输入FastQ，BAM，SAM等格式的数据文件，然后程序将进行一系列评估分析。分析完之后提供一系列图表信息，从这个信息您可以知道您的数据质量怎么样，哪里存在问题。
分析的内容包括：
上如图所示，绿色应该表示该项指标正常，如果出现橙色或者红色表示该项指标问题比较大。
更多关于这个软件的信息，请看：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
分析报告结果演示请看：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/good_sequence_short_fastqc/fastqc_report.html
对了该软件的质量评估报告支持多种格式喔！
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***2ybzhao 1970-01-01 08:00#2
嗯，您这点反馈的信息很重要。
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***我在看到这个软件的时候，猜想计算K-mer这一步，如果 1970-01-01 08:00#3
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***不过具体还得看看文献，可惜目前还没找到它的文献。如果有 1970-01-01 08:00#4
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***1zhengyunchao 2014-12-17 09:17#5
Could you pls introduce NGSQCToolkit_v2.3.3 to us?谢谢
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FastQC好是好，不过存在一个问题。就是使用数据量的问题。它使用的不是全部的数据来计算那些指标。所以在精度方面会有所偏差，但是曲线的大致轮廓不会有大的变化