安装步骤

1. perl、mysql安装略过
2. apache安装
   
   Shell

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   % cd httpd-2.x.xx % ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm=prefork % make && make install

3. libgd2的安装
   
   Shell

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   wget http://www.libgd.org/releases/gd-2.0.35.tar.gz tar zxvf gd-2.0.35.tar.gz cd gd-2.0.35 ./configure sudo make install

4. mod_perl安装
   
   Shell

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   wget http://perl.apache.org/dist/mod_perl-2.0-current.tar.gz tar zxvf mod_perl-2.0-current.tar.gz cd mod_perl-2.0-current perl Makefile.PL MP_AP_PREFIX="$HOME/httpd-2.2" MP_AP_CONFIGURE="--with-mpm=prefork" make make test make install

5. 必须的Perl libraries安装
   
   Shell

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   sudo perl -MCPAN -e 'install Module::Build' sudo perl -MCPAN -e'install GD' sudo perl -MCPAN -e'install JSON' sudo perl -MCPAN -e'install LWP' sudo perl -MCPAN -e'install Storable' sudo perl -MCPAN -e'install IO::String' sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny' sudo perl -MCPAN -e'install File::Temp' sudo perl -MCPAN -e'install Digest::MD5' sudo perl -MCPAN -e'install CGI::Session' sudo perl -MCPAN -e'install Statistics::Descriptive' sudo perl -MCPAN -e'install GD::SVG' sudo perl -MCPAN -e'install DBI' sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql' sudo perl -MCPAN -e'install DBD::Pg' sudo perl -MCPAN -e'install DB_File::Lock' sudo perl -MCPAN -e'install File::NFSLock' sudo perl -MCPAN -e'install Template' sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Root::Version' sudo perl -MCPAN -e'install Date::Parse' sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny' sudo perl -MCPAN -e'install Test::Most sudo perl -MCPAN -e'install Bio::ASN1::EntrezGene sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Perl' sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Graphics'

   如果安装失败，下载源代码进行安装，比如对于bioperl的安装：

   Shell

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   wget --no-check-certificate \ http://github.com/bioperl/bioperl-live/tarball/master -O bioperl.tar.gz tar zxvf bioperl.tar.gz cd bioperl-bioperl* perl Build.PL sudo ./Build install

6. GBrowse的安装
   Shell

   1 2	svn co https://gmod.svn.sourceforge.net/svnroot/gmod/Generic-Genome-Browser/trunk Generic-Genome-Browser cd Generic-Genome-Browser

   ===编译===

   Shell

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   perl Build.PL \ --cgibin=$HOME/httpd/cgi-bin/gbrowse2 \ --conf=$HOME/httpd/conf/gbrowse2 \ --htdocs=$HOME/httpd/htdocs/gbrowse2 \ --tmp=$HOME/httpd/tmp \ --portdemo=8080 \ --wwwuser=daemon ./Build test

   有些测试用例没有通过，但是并不影响对于GBrowse的使用
   ===安装配置===
   计划好安装目录，可以通过该参数进行配置，

   Shell

   1	./Build config

   如果需要重新配置，需要

   Shell

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   ./Build reconfig ./Build demo ./Build install

有关权限需要说明的

• 安装配置需要指明httpd进程的用户，这样使得指定的目录比如数据库文件目录，临时文件目录，Session文件目录具有相应的权限
• 对于配置文件的修改权限，安装时，因为需要向Perl库写入文件，所以需要使用root进行安装，许多文件都是root级别的，需要做相应的修改chown，chmode
• 对于perl模块的安装都是使用root，将其安装到用户的目录，尝试了，但是还没有完全领会
• 页面访问，发生内部错误，通过勘查error.log文件，可以找到错误的确切原因，给予解决

安装感受

• 需要的Perl模块，可以使用CPAN进行安装sudo perl -MCPAN -e shell, install **，但是如果失败的话，一定要按照该模块的说明进行手工安装，大部分原因是需要第三方库；
• perl的模块都可以在  http://search.cpan.org搜索得到；
• 按部就班，将所有需要的模块进行安装，然后就是配置./Build reconfig；
• 这时候还出错的话，就是配置文件出问题了，需要修改GBrowse.conf, 最后遇到的问题就是报告错误。

来源：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1783