推荐一个SAM文件中flag含义解释工具
SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算，但是为了方便大家，下面给大家提供一个脚本工具，大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了。
该脚本的使用方法如下截图所示：
脚本工具的使用方法：
将下面的代码保存在记事本里面，另存为一个html文件，如文件名：FlagExplain.html（拓展名一定要为.html）。双击既可以在浏览器里面打开了。
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非常好用哎！Thanks！