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测序数据分析工具大全

楼主  收藏   举报   帖子创建时间:  2018-02-16 00:00 回复：1 关注量：113

目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法，但是该选哪一个呢？许多序列分析的专家认为，这取决于基因组的大小、读取有多长，以及采用的是哪种测序技术。通常，软件还需要优化，以满足每个实验室的独特需求。在此，我们整理了这些数据分析工具的信息，供大家参考。

Alignment与mapping:

BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

CABOG: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page

CLUSTALW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2

LAGAN & Shuffle-LAGAN: http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml

MUGSY:
http://mugsy.sourceforge.net

MUMmer: http://mummer.sourceforge.net

Assembly:

SOAPdenovo:
http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html

Abyss 1.3.0: http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.0

Arachne & AllPath: https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/genome-sequencing-and-analysis/computational-rd/computational-

TotalReCaller: http://bioinformatics.nyu.edu/wordpress/projects/totalrecaller

Velvet: http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet

VISTA tools，包括AVID: http://pipeline.lbl.gov/run5details.shtml

ABI数据分析软件：http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/solid-next-generation-sequencing/ngs-data-analysis-software.html

Illumina的软件：http://www.illumina.com/software.ilmn

ION PGM测序仪的社区：http://www.iontorrent.com/forum/

另外附上一些精选的数据分析工具：

名称链接评论
基因组重测序
Bwahttp://bio-bwa.sourceforge.net比对工具
Dindelhttp://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel小的插入/缺失发现
Erdshttp://www.duke.edu/~mz34/erds.htm拷贝数变异发现
Pindelhttp://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/小的插入/缺失发现
Samtoolshttp://samtools.sourceforge.net操控比对后数据的工具
Sequence Variant Analyzerhttp://www.svaproject.org在基因组背景下显示变异
Chip-Seq
Findpeakshttp://vancouvershortr.sourceforge.net
RNA-Seq
Cufflinkshttp://cufflinks.cbcb.umd.edu测定转录本丰度
Tophathttp://tophat.cbcb.umd.edu剪接点定位
De Novo 拼接
Oaseshttp://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/根据转录组数据拼接
基因组浏览器
Integrated Genome Browserhttp://www.bioviz.org/igb/
Integrative Genomics Viewerhttp://www.broadinstitute.org/software/igv/
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  • ***1yqdhgq119 2012-08-31 14:48
    #1

    可否请教一个问题，对SOLID数据的测序的拼接最好使用哪个软件？谢谢！

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