BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/) 。

BLAST+的一般用法如下：

格式化数据库

makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

参数说明:

-in：待格式化的序列文件

-dbtype：数据库类型，prot或nucl

-out：数据库名

蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）

blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参数说明:

-query： 输入文件路径及文件名

-out：输出文件路径及文件名

-db：格式化了的数据库路径及数据库名

-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式

-evalue：设置输出结果的e-value值

-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数

-num_threads：线程数

核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx）

与上面的blastp用法类似：

blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

以上的参数说明只是一些常用的参数，完整的参数说明可以用-help查询。

转载自：有个博客 [ http://www.yelinsky.com/blog/ ]

BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/) 。

BLAST+的一般用法如下：

格式化数据库

makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

参数说明:

-in：待格式化的序列文件

-dbtype：数据库类型，prot或nucl

-out：数据库名

蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）

blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参数说明:

-query： 输入文件路径及文件名

-out：输出文件路径及文件名

-db：格式化了的数据库路径及数据库名

-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式

-evalue：设置输出结果的e-value值

-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数

-num_threads：线程数

核酸序列比对核酸数据库（blastn）以及核酸序列比对蛋白数据库（blastx）

与上面的blastp用法类似：

blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

以上的参数说明只是一些常用的参数，完整的参数说明可以用-help查询。

转载自：有个博客 [ http://www.yelinsky.com/blog/ ]