利用UCSC找序列的上下游基因_软件安装圈_商圈

利用UCSC找序列的上下游基因

楼主收藏举报帖子创建时间: 2012-12-25 00:00 回复：3 关注量：120

如果有一段序列，想找到其上下游基因，方法很多，发现用UCSC比较直观明了。
以下面这段人源序列为例，首先打开UCSC 的Blat界面，选择基因组为“Human”，版本选择最新的“Fed.2009(GRCh37/hg19)”，其它的采用默认的，在文本域中拷入下面的序列，点击文本域下的“submit”提交就可以了。
AGGAACAAGGGCCTCTGTCTGCCCAGCTGCCTCCCCCTTTGGGTTTTGCCAGACTCCACAGTGCATACGTGGGCTCCAAC AGGTCCTCTTCCCTCCCAGTCACTGACTAACCCCGGAACCACACAGCTTCCCGTTCTCAGCTCCACAAACTTGGTGCCAA ATTCTTCTCCCCTGGGAAGCATCCCTGGACACTTCCCAAAGGACCCCAGTCACTCCAGCCTGTTGGCTGCCGCTCACTTT GATGTCTGCAGGCCAGATGAGGGCTCCAGATGGCACATTGTCAGAGGGACACACTGTGGCCCCTGTGCCCAGCCCTGGGC TCTCTGTACATGAAGCAACTCCAGTCCCAAATATGTAGCTGTTTGGGAGGTCAGAAATAGGGGGTCCAGGAGCAAACTCC CCCCACCCCCTTTCCAAAGCCCATTCCCTCTTTAGCCAGAGCCGGGGTGTGCAGACGGCAGTCACTAGGGGGCGCTCGGC CACCACAGGGAAGCTGGGTGAATGGAGCGAGCAGCGTCTTCGAGAGTGAGGACGTGTGTGTCTGTGTGGGTGAGTGAGTG TGTGCGTGTGGGGTTGAGGGCGTTGGAGCGGGGAGAAGGCCAGGGGTCACTCCAGGATTCCAATAGATCTGTGTGTCCCT CTCCCCACCCGTCCCTGTCCGGCTCTCCGCCTTCCCCTGCCCCCTTCAATATTCCTAGCAAAGAGGGAACGGCTCTCAGG CCCTGTCCGCACGTAACCTCACTTTCCTGCTCCCTCCTCGCCAATGCCCCGCGGGCGCGTGTCTCTGGACAGAGTTTCCG GGGGCGGATGGGTAATTTTCAGGCTGTGAACCTTGGTGGGGGTCGAGCTTCCCCTTCATTGCGGCGGGCTGCGGGCCAGG CTTCACTGAGCGTCCGCAGAGCCCGGGCCCGAGCCGCGTGTGGAAGGGCTGAGGCTCGCCTGTCCCCGCCCCCCGGGGCG GGCCGGGGGCGGGGTCCCGGCGGGGCGGAGCCATGCGCCCCCCCCTTTTTTTTTTAAAAGTCGGCTGGTAGCGGGGAGGA TCGCGGAGGCTTGGGGCAGCCGGGTAGCTCGGAGGTCGTGGCGCTGGGGGCTAGCACCAGCGCTCTGTCGGGAGGCGCAG CGGTTAGGTGGACCGGTCAGCGGACTCACCGGCCAGGGCGCTCGGTGCTGGAATTTGATATTCATTGATCCGGGTTTTAT CCCTCTTCTTTTTTCTTAAACATTTTTTTTTAAAACTGTATTGTTTCTCGTTTTAATTTATTTTTGCTTGCCATTCCCCA CTTGAATCGGGCCGACGGCTTGGGGAGATTGCTCTACTTCCCCAAAT
在接下来的页面选择第一个100%匹配的结果，如果你的序列有多个100%匹配的结果，那么说明此序列在基因组中多个位置存在。点击“browser”的链接就进入了浏览器模式，如果你想知道序列的详细情况可以点击旁边的“detail”。
在浏览器模式下，首先设置显示的内容，默认的太多了，没法看，如果只想找基因的话，只需要下图标出的两个就可以了，其它的都设为“hiden”，设置好一组后就点上面的“refresh”，马上就可以看到上面图形的变化。

下图显示了一些主要区域的说明，通过“zoom in”和“zoom out”放大缩小基因组的显示范围，通过左边”move”调整你的序列在图形在的位置，一个基因显示多排说明此基因有多个编码方式及对应多个accession num。

通过不断缩小就可找到你的序列上下游基因如下图，其它东东可以自己一个个慢慢研究。

利用UCSC找序列的上下游基因