【讨论】测定肠道菌群,qPCR与PCR-DGGE技术测定结果的区别有哪些?

楼主  收藏   举报   帖子创建时间:  2015-09-28 12:41 回复:21 关注量:355
 最近看文献,发现大多数人用的都是PCR-DGGE检测,也有实验外包的,可以进行图谱分析。但是相对检测周期要长一些,一个月左右呢。我又查到可以用qPCR检测菌群,据说灵敏度也不错,相对来说要便捷很多。现在就想请问各位,这两种检测方法的具体有哪些差别?
  • 赵慧铮 2015-09-29 17:08
    #1

    PCR-DEEG,变性梯度凝胶电泳,这个没做过,你可以查查相关文献,感觉做的人还是挺多的,至于qPCR,我感觉,如果你是要做肠道菌群的多样性分析,感觉有点“烧钱”了,毕竟肠道菌群和临床上的致病菌存在差异,而且种类又多,容易受各种因素的影响,感觉没必要使用qPCR,你可以试试末端限制性重复片段长度多态性分析(T-RFLP),这个在菌群的分析上可以说有很大的优势,还有16S rRNA基因文库分析,这方面做的比较好的一个是赵立平教授,前几天刚听他讲肠道菌群,对传统观念有很强的冲击性,你可以看看他的文章;其次是李兰娟院士,去年听她讲课,他们课题组的研究走的太快了,团队的能力太强了,根本跟不上节奏!

  • blowapc 2015-09-28 18:52
    #2

    找二代测序公司做吧~

  • 横五竖三点两点 2015-09-29 14:16
    #3

    多看一些文献,自己专业内的是要看,但跟专业相关的周边文献也要看,不然会被局限在以前的技术里面,对自己的研究来说可能吃力不讨好。
    pcr-DGGE基本可以放弃了。qPCR检测菌落中有限的几个菌的含量还是可以的,像版主说的,如果你不是只为了检测肠道中有限几个菌的含量、找二代测序公司吧。

  • 赵慧铮 2015-09-29 17:08
    #4

    PCR-DEEG,变性梯度凝胶电泳,这个没做过,你可以查查相关文献,感觉做的人还是挺多的,至于qPCR,我感觉,如果你是要做肠道菌群的多样性分析,感觉有点“烧钱”了,毕竟肠道菌群和临床上的致病菌存在差异,而且种类又多,容易受各种因素的影响,感觉没必要使用qPCR,你可以试试末端限制性重复片段长度多态性分析(T-RFLP),这个在菌群的分析上可以说有很大的优势,还有16S rRNA基因文库分析,这方面做的比较好的一个是赵立平教授,前几天刚听他讲肠道菌群,对传统观念有很强的冲击性,你可以看看他的文章;其次是李兰娟院士,去年听她讲课,他们课题组的研究走的太快了,团队的能力太强了,根本跟不上节奏!

  • huhu138 2015-09-30 15:18
    #5

    赵慧铮
    PCR-DEEG,变性梯度凝胶电泳,这个没做过,你可以查查相关文献,感觉做的人还是挺多的,至于qPCR,我感觉,如果你是要做肠道菌群的多样性分析,感觉有点“烧钱”了,毕竟肠道菌群和临床上的致病菌存在差异,而且种类又多,容易受各种因素的影响,感觉没必要使用qPCR,你可以试试末端限制性重复片段长度多态性分析(T-RFLP),这个在菌群的分析上可以说有很大的优势,还有16S rRNA基因文库分析,这方面做的比较好的一个是赵立平教授,前几天刚听他讲肠道菌群,对传统观念有很强的冲击性,你可以看看他的文章;其次是李兰娟院士,去年听她讲课,他们课题组的研究走的太快了,团队的能力太强了,根本跟不上节奏!
    好的,很感谢提供思路~

  • Yang_2010 2016-11-16 12:16
    #6

    blowapc
    找二代测序公司做吧~

    版主,测一个标本肠道双歧杆菌定量测定要花多少钱?

  • blowapc 2016-11-16 15:48
    #7

    慧慧1986
    blowapc
    找二代测序公司做吧~

    版主,测一个标本肠道双歧杆菌定量测定要花多少钱?

    如果你只测双歧杆菌,不需要二代测序,设计特异性引物, 提取肠道细菌总DNA,直接做绝对定量就可以。

    二代测序可能拿到的还不够准,因为只测了16s的一小段,分类到种比较困难

  • blowapc 2016-11-16 15:50
    #8

    real time PCR就便宜很多了,一个Roche试剂盒也不超过1000元,能做200-400个反应,做好标准曲线以后,应该够你做个几十次吧

    其实你在补一个二代测序也不贵,砍价到200元 500M数据,应该凑合够用。还可以看看肠道其他菌群是否有变化

  • Yang_2010 2016-11-16 16:03
    #9

    blowapc

    real time PCR就便宜很多了,一个Roche试剂盒也不超过1000元,能做200-400个反应,做好标准曲线以后,应该够你做个几十次吧

    其实你在补一个二代测序也不贵,砍价到200元 500M数据,应该凑合够用。还可以看看肠道其他菌群是否有变化


    谢谢,那用real time PCR测定,Roche试剂盒在哪家公司可以买到,一个试剂盒大概能测几个标本?

  • Yang_2010 2016-11-16 16:58
    #10

    blowapc

    real time PCR就便宜很多了,一个Roche试剂盒也不超过1000元,能做200-400个反应,做好标准曲线以后,应该够你做个几十次吧

    其实你在补一个二代测序也不贵,砍价到200元 500M数据,应该凑合够用。还可以看看肠道其他菌群是否有变化


    单纯定量测定买哪种试剂盒比较好呢?