【分享】primer express 3.0--real time引物设计软件非常好用

u-cytech
圈主

楼主 | 收藏 | 举报 2010-09-26 13:13 浏览: 409 回复: 34

如果你做real time PCR 的仪器是ABI 公司，设计引物时一定要用ABI 引物设计软件primer express，但是现在用的大部分是2.0版本，不能和windows xp等系统兼容，我找了好久才找到最新的3.0版本，和大家分享，我看了丁香园里没有这个软件。还有，我用primer express 3.0设计的引物在罗氏的real time PCR 上,也不错，溶解曲线很好。没有杂峰。

里面有软件和使用细则，设计REAL TIME 引物效果不错。

3.0版本主要面对的是xp系统，目前还没有4.0版本，针对Vista和win7系统的版本，如果有我会及时上传。如果是Vista和win7系统，请你试试，部分网友反映安装后无法使用等等。具体是个人电脑情况而定。谢谢大家支持！给我投票加分哦。:D:D:D

引物设计的特殊要求的，如下

1）引物长度17～25bp
2）扩增序列长度90～150个碱基
3）GC含量40～60%
4）Tm值58℃～60℃，Forward Primer和Reverse Primer的Tm值不能相差大于2℃
5）引物序列A、G、C、T整体分布尽量均匀，不要有部分的GC rich或AT rich（特别是3′端），避免T/C或A/G的连续结构。
6）3′末端序列避免GC rich或AT rich，3′端碱基最好为G或C，尽量避免3′端碱基为T
7）避开引物内部或两条引物之间有3个碱基以上的互补序列，两条引物之间的3′末端避开有2个碱基以上的互补序列
8）使用BLAST检索确认引物的特异性

各位战友，我看到有关Real time PCR的详细介绍，和有关具体实验过程中注意事项的文章，在附件中，和大家分享一下。

11-9-3
针对以前的下载链接不能使用，我今天给大家重新上传一个下载链接，2011-9-3 primerexpress 3.0, 应该没问题了。有问题请电邮。谢谢大家支持

2011-9-04 17:00
针对大家提出的问题无法下载，我重新想到一个方法，我把这个大文件内部分别压缩后上传，请大家下载后各个解压缩，然后放到一个新文件夹内，再安装，这样就可以使用了。总共4个文件。

2011-9-3 primerexpress3.0下载链接.txt(0.19k)
Primer Express 3.0.rar(342.37k)
data1.rar(724.4k)
PrimerExpress.rar(958.92k)
PrimerExpress_guide_c.pdf(2221.33k)

u-cytech
圈主

楼主 | 收藏 | 举报 2010-09-26 13:13 浏览: 409 回复: 34

如果你做real time PCR 的仪器是ABI 公司，设计引物时一定要用ABI 引物设计软件primer express，但是现在用的大部分是2.0版本，不能和windows xp等系统兼容，我找了好久才找到最新的3.0版本，和大家分享，我看了丁香园里没有这个软件。还有，我用primer express 3.0设计的引物在罗氏的real time PCR 上,也不错，溶解曲线很好。没有杂峰。

里面有软件和使用细则，设计REAL TIME 引物效果不错。

3.0版本主要面对的是xp系统，目前还没有4.0版本，针对Vista和win7系统的版本，如果有我会及时上传。如果是Vista和win7系统，请你试试，部分网友反映安装后无法使用等等。具体是个人电脑情况而定。谢谢大家支持！给我投票加分哦。:D:D:D

引物设计的特殊要求的，如下

1）引物长度17～25bp
2）扩增序列长度90～150个碱基
3）GC含量40～60%
4）Tm值58℃～60℃，Forward Primer和Reverse Primer的Tm值不能相差大于2℃
5）引物序列A、G、C、T整体分布尽量均匀，不要有部分的GC rich或AT rich（特别是3′端），避免T/C或A/G的连续结构。
6）3′末端序列避免GC rich或AT rich，3′端碱基最好为G或C，尽量避免3′端碱基为T
7）避开引物内部或两条引物之间有3个碱基以上的互补序列，两条引物之间的3′末端避开有2个碱基以上的互补序列
8）使用BLAST检索确认引物的特异性

各位战友，我看到有关Real time PCR的详细介绍，和有关具体实验过程中注意事项的文章，在附件中，和大家分享一下。

11-9-3
针对以前的下载链接不能使用，我今天给大家重新上传一个下载链接，2011-9-3 primerexpress 3.0, 应该没问题了。有问题请电邮。谢谢大家支持

2011-9-04 17:00
针对大家提出的问题无法下载，我重新想到一个方法，我把这个大文件内部分别压缩后上传，请大家下载后各个解压缩，然后放到一个新文件夹内，再安装，这样就可以使用了。总共4个文件。