PCR-DEEG，变性梯度凝胶电泳，这个没做过，你可以查查相关文献，感觉做的人还是挺多的，至于qPCR，我感觉，如果你是要做肠道菌群的多样性分析，感觉有点“烧钱”了，毕竟肠道菌群和临床上的致病菌存在差异，而且种类又多，容易受各种因素的影响，感觉没必要使用qPCR，你可以试试末端限制性重复片段长度多态性分析（T-RFLP），这个在菌群的分析上可以说有很大的优势，还有16S rRNA基因文库分析，这方面做的比较好的一个是赵立平教授，前几天刚听他讲肠道菌群，对传统观念有很强的冲击性，你可以看看他的文章；其次是李兰娟院士，去年听她讲课，他们课题组的研究走的太快了，团队的能力太强了，根本跟不上节奏！

找二代测序公司做吧~

多看一些文献，自己专业内的是要看，但跟专业相关的周边文献也要看，不然会被局限在以前的技术里面，对自己的研究来说可能吃力不讨好。
pcr-DGGE基本可以放弃了。qPCR检测菌落中有限的几个菌的含量还是可以的，像版主说的，如果你不是只为了检测肠道中有限几个菌的含量、找二代测序公司吧。

PCR-DEEG，变性梯度凝胶电泳，这个没做过，你可以查查相关文献，感觉做的人还是挺多的，至于qPCR，我感觉，如果你是要做肠道菌群的多样性分析，感觉有点“烧钱”了，毕竟肠道菌群和临床上的致病菌存在差异，而且种类又多，容易受各种因素的影响，感觉没必要使用qPCR，你可以试试末端限制性重复片段长度多态性分析（T-RFLP），这个在菌群的分析上可以说有很大的优势，还有16S rRNA基因文库分析，这方面做的比较好的一个是赵立平教授，前几天刚听他讲肠道菌群，对传统观念有很强的冲击性，你可以看看他的文章；其次是李兰娟院士，去年听她讲课，他们课题组的研究走的太快了，团队的能力太强了，根本跟不上节奏！

版主，测一个标本肠道双歧杆菌定量测定要花多少钱？

如果你只测双歧杆菌，不需要二代测序，设计特异性引物， 提取肠道细菌总DNA，直接做绝对定量就可以。

二代测序可能拿到的还不够准，因为只测了16s的一小段，分类到种比较困难

real time PCR就便宜很多了，一个Roche试剂盒也不超过1000元，能做200-400个反应，做好标准曲线以后，应该够你做个几十次吧

其实你在补一个二代测序也不贵，砍价到200元 500M数据，应该凑合够用。还可以看看肠道其他菌群是否有变化