开发了导致菌株差异的近交小鼠蛋白质数据库

与比利时几家机构有关的三位研究人员开发了一种生物信息学工具，可以将36种近交小鼠品系的蛋白质编码基因与C57BL / 6J菌株进行比较。在他们发表在美国国家科学院院刊上的论文中，Steven Timmermans，Marc Van Montagu和Claude Libert描述了该工具，他们使用它创建的数据库以及其他研究人员的应用程序。

科学家利用老鼠来测试的想法，无论是行为或身体，但与这个新的工作笔记，研究人员，不是所有的毒株特定物种的小鼠是相同的。例如，一种常见菌株中的基因突变可导致结肠息肉，而另一种菌株中的相同突变则不会。当研究人员选择一种小鼠进行实验时，未能解释这些特征可能会导致问题。为了解决这个问题，Timmermans，Van Montagu和Libert开发了一种工具来识别标准菌株和其他36种菌株之间的差异。然后，他们使用该工具对数据库中已知的差异进行编目，这些差异可供其他研究人员访问。

研究人员选择C57BL / 6J作为比较菌株，因为它是第一个测序的。此后，数据库中出现的其他36种菌株也进行了测序。他们开发的工具本质上是一种技术，用于利用有关测序区域的可用信息，查看编码区域，计算变异它们，然后将DNA密码子翻译成各自的氨基酸序列 - 这样可以预测基因会影响哪些突变产生的蛋白质。将这些结果与通过其他研究获得的其他已知信息一起输入数据库。

正如团队所指出的那样，数据库中的大部分信息已经公开发布了一段时间，但不幸的是研究人员，而不是一个地方 - 他们不得不做很多工作来确保他们没有选择不合适的应变为他们的计划工作。现在，他们所要做的就是搜索单个数据库，只有在找到新发现时添加更多数据，结果才会得到改善。希望数据库能够缓解并因此改进实验设计，从而产生更好的结果。