科学家通过RNA测序破译鼓槌树的转录组

你有没有想过为什么我们的祖母坚持在房子前面有一个Tulsi植物(圣罗勒)和在后院有一棵Moringa(鼓槌)树?鼓槌树的每一部分都具有药用价值，是营养和矿物质的丰富来源。传统上，已知它具有抗糖尿病(叶)，心脏保护(根)，抗生育(根)，抗炎(根)，抗微生物(根)，抗氧化(叶，花) ，抗肥胖(叶子)性质，并且还用于水净化(种子)，以及作为润滑油(种子)，以及其他益处。

由班加罗尔国家生物科学中心(NCBS)的R. Sowdhamini教授领导的一个科学家小组最近通过对来自五种不同组织(根，茎，花，种子和叶子)的RNA进行纯化和测序来破译转录组。这个“神奇的树”。树木组织来自班加罗尔农业科学大学的Gandhi Krishi Vigyan Kendra校园。使用计算算法和湿实验室方法的组合分析测序数据。这项工作的部分资金来自印度生物技术部的资助，部分资金来自印度SERB-DST授予Sowdhamini的JC Bose奖学金。最近，Genomics期刊发表了一份完整的报告。

辣木叶，花和豆荚通常被消耗。这项研究表明，这棵树的叶子含有的铁含量是菠菜的30倍，钙的含量是菠菜的100倍。“事实上，发现这种树的根部和茎部的铁，锌和镁转运蛋白非常丰富，”该论文的第一作者Naseer Pasha博士说。在研究的所有五种组织中，维生素C产生所需的关键酶之一也以显着比例表达。

这种喜马拉雅山脉的树木很少受到关注，可以在干旱地区生存。转录组数据表明多种应激反应基因，如C2H2和Myb基因家族。总之，它提供了令人信服的证据，证明这种植物是一种“超级食物”，可以在干旱期间提供营养支持。

在这项研究中，从所有五种组织中共追踪了36个候选基因。这些包括化合物的合成酶(类黄酮，萜类化合物，维生素和生物碱，如Moringine)和矿物质的转运蛋白。其中，在叶子和花中更多地观察到具有药用价值的生物活性化合物，例如槲皮素(在代谢紊乱中有效)及其合成酶。观察到山奈酚(作为抗癌剂有效)在花中很丰富。能够合成通常在细菌中观察到的Moringine /苄胺的酶的转录物在辣木种子中高度表达。Moringine可能被运输到根部并且已知可以改善哺乳动物的葡萄糖耐量和脂质代谢。熊果酸和齐墩果酸产物和合成酶在根中观察得更多，并且已知其作为抗生育剂和抗癌剂。“已经观察到总共17000个转录本，这是鉴定候选基因的生物信息学挑战，”该团队的Adwait Joshi博士说。Sowdhamini的小组将数据与现有数据进行了比较和比较来自中国一组的辣木基因组序列(Tian et al。，2015)。

“揭示赋予辣木药用价值的酶的细节，证明了基因组学的力量。与商业应用一起，例如在水提纯中使用辣木叶和油提取物中的油酸，这项研究可以铺平这种植物在生物技术领域的发展方式，“Row Sowdhamini教授说。与Tulsi上的论文一样(Upadhyay 等，2015，doi：10.1186 / s12870-015-0562-x)，这是研究小组再次尝试解开印度药用植物的奥秘。