计算工具使用患者的基因组数据来找到膀胱癌的最佳治疗方法

我们在照顾患有膀胱癌的患者时面临的挑战之一是，从一名患者到另一名患者，预后，阶段和对不同治疗方法的反应各不相同，”Seth Paul Lerner博士说。泌尿外科肿瘤学和多学科膀胱癌项目主任以及泌尿学教授和贝勒医学院泌尿肿瘤学教授Beth和Dave Swalm。“在为每位患者选择最佳治疗方案时，多样化的癌症特征会带来挑战。”

在贝勒，勒纳和他的同事一直在研究肌肉浸润性膀胱癌患者之间这些差异的基因组学基础。作为癌症基因组图谱研究网络小组的一部分，他们在2017年报告了412种肌肉浸润性膀胱癌的综合分子特征，结果确定了五种基于表达的癌症亚型。研究人员还报告了每种亚型的不同生存结果。例如，一种名为“神经元”的亚型具有非常独特的表达谱，并且与较差的存活率和较不利的结果相关。

“我们能够证明突变特征，分子亚型，新的癌症相关分子的负荷以及已知的临床和病理因素对患者的总体存活率有非常明显的影响，”Lerner说。“但是，我们怎样才能将这些知识运用到临床实践中?”

“在2019年发表于欧洲泌尿外科的这项研究中，我们报告了计算工具的开发 - 单一患者分类器 - 有效地使医生能够使用该患者的基因组数据为个体患者的癌症分配膀胱癌亚型，”首先说作者Jaegil Kim博士，当时他正在研究这个项目时在Broad研究所工作，目前是TESARO的一名高级首席科学家，TESARO是一家专注于肿瘤学的公司。

研究人员还将他们的单一患者分类器应用于IMvigor 210临床试验所产生的数据，这些临床试验使用atezolizumab(一种免疫治疗药物)治疗了近400名局部晚期或转移性膀胱癌患者，并报告了客观反应和总体生存率。这使研究人员能够将对特定膀胱癌亚型治疗的反应联系起来。

“最令人兴奋的发现之一是，我们在2017年发现的侵袭性神经元表达亚型具有较差的存活率和不太有利的结果，对阿司佐珠单抗治疗反应非常好，患者有更好的结果，”Kim说。

“在我们确定具有神经元亚型的11名患者中，所有可评估为客观反应的患者均对治疗有反应(两次完全反应，六次部分反应)，或总体为72%。这转化为非常高的生存概率，这是前所未有的在晚期膀胱癌中，“勒纳说。“尽管这是一小组患者，但我们的基础研究可以直接转化为临床环境，这使我们能够确定哪种膀胱癌亚型更有机会对特定治疗做出反应，这是非常令人兴奋的。”

虽然前瞻性临床试验需要进一步检测，但研究人员预计医生可以将单患者分类器应用于患者的肿瘤基因组数据，以确定膀胱癌的亚型，然后选择特定亚型最常用的治疗方法。可能会回应。

“膀胱癌每年导致全球约160,000例死亡，我们在其分子数据和生物学的临床应用方面落后于其他癌症领域，”Lerner说。“但是，我们可以开始了解未来如何使用这些信息为每位患者提供最佳治疗方案。”