基因组证据显示苏门答腊犀牛从未在更新世期间从损失中恢复过来

苏门答腊犀牛(Dicerorhinus sumatrensis)是地球上受威胁最严重的哺乳动物之一。到2011年，只有大约200只犀牛被认为仍然生活在野外。现在，一个国际研究小组已经对来自辛辛那提动物园着名男性样本的第一个苏门答腊犀牛基因组进行了测序和分析。这项研究在12月14日的当代生物学报告中表明，苏门答腊犀牛种群的问题始于很久以前，大约在一百万年前的更新世中期。

研究人员说，对犀牛人口统计史的新见解有助于将物种的当前种群状况置于更广泛的生态和进化环境中。“我们的基因组序列数据显示，更新世是对苏门答腊犀牛种群的过山车，”马歇尔大学的Herman Mays，Jr。说。

“这个物种已经在很长一段时间内濒临灭绝，”特里罗斯在辛辛那提动物园和植物园的濒危野生动物保护和研究中心补充道。

据研究人员称，苏门答腊犀牛种群在大约90万年前化石证据显示大陆哺乳动物入侵Sundaland(东南亚的生物地理区域)时达到顶峰。大约12000年前 - 更新世末期 - 许多大型哺乳动物遭受了苦难，苏门答腊犀牛也不例外。

海平面上升淹没了Sundaland走廊，连接婆罗洲，爪哇岛和苏门答腊岛与马来半岛和亚洲大陆的陆桥消失在海洋中。研究人员说，最有可能的结果是，随着适宜的栖息地变得越来越分散，犀牛的数量越来越多。从那时起，由于与栖息地丧失和狩猎相关的压力增加，苏门答腊犀牛种群数量进一步减少。

“他们的人口已经触底，从未出现过复苏的迹象，”梅斯说。

研究人员通过使用称为成对顺序马尔可夫聚结(PSMC)的方法得出了这些结论。PSMC使得从单个个体的基因组序列中阐明物种的种群历史成为可能，这对于研究稀有或灭绝的物种尤其重要。该团队将PSMC与生态小生境模型相结合，以了解过去人口规模的变化与气候变化的关系。

研究人员估计，苏门答腊犀牛种群在大约95万年前估计有效种群数量达到约5700人，达到顶峰。(有效种群规模是与该种群中遗传多样性一致的种群数量。它估计了对种群有贡献的繁殖个体数量。)到9，000年前，基因组证据表明，有效种群规模是减少到只有约700苏门答腊犀牛。研究结果表明，遥远过去的气候变化减少了苏门答腊犀牛的遗传多样性，使他们更容易受到人类活动后来的压力。

Mays和他的团队测序的DNA样本属于一只名为Ipuh的犀牛，位于苏门答腊岛上最初被收集的地方之后。Ipuh在辛辛那提动物园住了22年，直到2013年去世，他的遗体仍然在辛辛那提博物馆中心展出。罗斯报告说，Ipuh的两个儿子继续住在苏门答腊的苏门答腊犀牛保护区。其中一人已经生了两头牛犊。

罗斯说：“苏门答腊犀牛种类正在被一条线悬挂着。”“我们需要做更多的事情来拯救它。”