Phospho-RNA-seq可以获得mRNA和lncRNA片段

根据密歇根大学罗杰尔癌症中心研究人员今天在EMBO杂志上发表的一篇论文，Phospho-RNA-seq是一种新的RNA测序方法，揭示了血浆中数千种以前难以接近的RNA片段。

“我们相信有各种各样的潜在临床应用，”该论文的高级作者，医学博士Muneesh Tewari说。“例如，在癌症方面，我们很高兴应用这种方法试图检测免疫疗法中自身免疫副作用的最早迹象。还有可能早期发现癌症，因为有很长的非编码RNA是公平的特定于某些癌症类型。“

Tewari已经在这个问题上工作了十多年。2008年，他发表了一篇论文，描述了检测血浆中肿瘤微小RNA的突破。然而，该方法的缺点是它无法检测到更常见和器官特异性类型的RNA，这些RNA通常以片段形式存在。

“我们必须弄清楚如何将信号与噪音分离 - 如何从细菌和病毒RNA以及我们自己的基因组中去除不相关的遗传物质，这会给数据增加噪音，”Ryan Spengler博士说。一位领导数据分析的博士后研究员。“当序列非常短时，它们可能偶然匹配人类基因组中的多个位置，很难说它们真正来自哪个基因。”“这项新研究的真正创新是认识到这些其他类型的RNA被遗漏，因为它们具有简单但关键的差异，使它们无法出现在血浆测序结果中，”Tewari解释说。“我们使用酶来定制这些片段的末端，以便它们在测序中显示出来。而这个相对简单的步骤显示，是的，血液中有数千个这些额外的基因转录物。”该难题的第二个关键部分是开发一种方法，可以对大量的测序数据进行可靠的分类，以滤除误报并确保准确的结果。

这种新方法称为磷酸-RNA-seq，因为片段末端的定制方式。它首先在使用精选RNA的实验中得到验证，因此科学家们提前知道准确的结果应该是什么样子。然后，为了证明它可以在真实环境中工作，该方法在每周从两名在UM进行骨髓移植的患者收集的血浆样品上进行测试。

“我们可以追踪移植后骨髓重建的标志，以及指示肝脏损伤的血浆RNA变化 - 这与我们所知道的医疗记录结果一致，”Tewari说。