破解细胞命运调节因子的RNA结合代码

RNA和蛋白质之间的相互作用影响RNA代谢的所有方面。这些相互作用由不同的RNA结合结构域(RBD)介导，其中许多仍有待发现。最近发现的RBD的一个例子是NHL结构域。该结构域存在于所谓的TRIM-NHL蛋白中，如秀丽隐杆线虫LIN-41或其人同源物LIN41 / TRIM71，统称为LIN41。

LIN41蛋白质如何识别特定的RNA仍然未知。领导该项目的作者之一Pooja Kumari解释说：“我们知道NHL结构域介导TRIM-NHL蛋白质与RNA的相互作用：果蝇Brat的NHL结构域以序列特异性方式结合RNA，我们之前的工作表明LIN-41的NHL结构域也介导RNA结合。但是，很长一段时间我们无法鉴定LIN41结合所需的RNA序列基序。“

另一位主要作者弗洛里安·阿斯基曼(Florian Aeschimann)表示，这种结合可能是由靶mRNA中的二级结构介导的。根据这一假设，来自Dimos Gaidatzis的计算输入的FMI科学家可以证明LIN41的NHL结构域确实与特定的RNA茎环(SL)元件相互作用，仅共享少数序列特征但在其中仅含有三个核苷酸。环。

最后，在来自蛋白质结构设施的Jeremy Keusch和Heinz Gut的重要帮助下，Kumari阐明了LIN41-RNA复合物的晶体结构：“从晶体结构中，我们观察到RNA SL的环被插入带正电的空腔中在NHL结构域中，它是定义这种相互作用特异性的RNA形状，“Kumari说。

这些发现令人惊讶，因为Kumari指出：“确定的相互作用形式完全不同于Brat的RNA结合，否则就是一种类似神仙的蛋白质。这种RNA结合可塑性的合理解释来自华沙IIMCB的合作者，基于系统发育分析，他们提出RNA结合的不同策略反映了NHL结构域的快速进化。“

Rafal Ciosk说：“这项工作是一个有力的例子，说明生物化学，结构，计算和功能方法的结合使用如何揭示新型RNA结合折叠的生物学作用和进化历史，为未来更多此类发现铺平道路“。