据报道RNA测序技术发展得更快更便宜

放大字体  缩小字体 发布日期:2019-04-20 浏览次数:104

来自洛桑联邦理工学院(EPFL)生物工程研究所的Bart Deplancke博士实验室的研究人员称,他们开发了一种名为Bulk RNA Barcoding and sequencing(BRB-seq)的新方法,其价格比传统商业便宜25倍RNA测序技术。

据报道RNA测序技术发展得更快更便宜

科学家指出,BRB-seq具有许多优点,可快速保留链特异性。因此,BRB-seq提供了一种低成本的方法,用于在数百个RNA样本上进行转录组学,这可以在一次运行中增加生物学重复的数量(因此实验准确性),Deplancke解释说,他的团队的工作(“ BRB-” seq:通过大量RNA条形码和测序实现的超可负担的高通量转录组学 “在Genome Biology中出现。

在性能方面,科学家发现BRB-seq可以在相同的测序深度检测到与商业技术相同数量的基因,即使使用低质量的RNA样本,该技术也能产生可靠的数据。此外,根据Deplancke的说法,它产生的全基因组转录组学数据的成本与使用RT-qPCR分析四种基因的成本相当,RT-qPCR目前是一种标准的低通量方法,用于测量基因表达。

在测试中,BRB-seq可以生成每天最多192个样品的即用型基因组文库,只需要两个小时的实际操作时间。该技术与用于预处理和分析测序数据的管道相结合,据报道允许在一天内获得结果。

“自发布以来,已有数十家实验室和公司与我们联系,帮助他们实施BRB-seq方法,”Deplancke说。“由于BRB-seq的低成本,这些研究人员意识到他们现在可以用相同的预算分析更多的样品,从而大大增加了他们实验的范围和可重复性。因此,我们预计BRB-seq或类似方法将在任何分子生物学实验室中成为标准,并取代RT-qPCR作为第一个基因表达谱分析选项。

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