CRISPR引导的邻近标记解剖基因转录的蛋白质组学编排

比以前的方法更强大，从细胞中标记和收获DNA相关蛋白的新方法可以打开对转录控制的更深入的见解。基因转录需要一个复杂的分子编排技巧，其中许多蛋白质在正确的时间在正确的地方聚集在一起。分离，鉴定和研究这些蛋白质同样复杂，并且现有的这样做的方法虽然强大，但具有限制其效用的限制。

例如，广泛使用的染色质免疫沉淀(ChIP)方法依赖于从细胞中捕获蛋白质的抗体。因此，它只能找到一种蛋白质，其中一种蛋白质具有高质量的特异性抗体，并且假定某种蛋白质可能存在于给定基因附近，从而遗漏了人们可能不期望的蛋白质。

在自然方法方面，由Broad工作人员科学家Sam Myers，Broad蛋白质组学平台主任和研究所科学家Steven Carr以及Broad核心研究所成员Feng Zhang领导的团队揭示了一种新的，无偏见的方法来捕获有助于表达目的基因的蛋白质，这依赖于CRISPR-Cas9基因组编辑系统的钝化版本。被称为GLoPro(用于基因组基因座蛋白质组学)，该方法提供了更全面的视图，了解哪些蛋白质管理给定基因的表达，这些知识可以帮助揭示其功能及其在细胞电路中的位置的见解。

GLoPro依赖于催化惰性(或“死”)形式的Cas9蛋白(dCas9)与称为APEX2的酶的工程化版本融合。使用指导RNA，融合蛋白 - 称为CASPEX-以典型的CRISPR方式进入基因组中的所需位点。然而，CASPEX并没有削减DNA，而是命令任何与生物素接近的蛋白质或蛋白质组。然后，研究人员可以使用这种化学标签收集标记的蛋白质，用于基于质谱的蛋白质组学分析。

在他们的论文中，研究小组表明，在细胞系中，他们可以标记，捕获和分析与hTERT和MYC基因启动子结合的蛋白质。与其他蛋白质分离方法相比，GLoPro证明了它是一种有效且可能通用的方法，用于在基因组中的任何位置附近标记蛋白质。

该团队继续探索GLoPro如何成为获取更全面的基因转录协调见解的工具。