寻找Nemo的基因礁鱼基因组图谱和共享

Nemo的基因组已被破译并公之于众，帮助研究人员进一步研究鱼类的生态学和进化。在电影“海底总动员”中不朽的橙色小丑鱼的基因组已被破译，为研究人员提供了迄今为止关于珊瑚鱼基因组学的最详细信息。

“nemo基因组由24条染色体组成。我们能够测序约97%的基础基因组序列，然后将98%的序列放入该物种的24条染色体中，”计算生物学家Robert Lehman说。“无论如何，这是一项非凡的努力，代表了一个非常完整的基因组组装。”

KAUST的研究人员已经在nemogenome.org上向科学界提供了他们的数据。

橙色小丑鱼，Amphiprion percula，是海洋生物学研究的支柱：它被用作模型物种来回答与社会组织，性别变化，栖息地选择，捕食者 - 猎物相互作用以及气候变化和海洋酸化的影响有关的问题。鱼。这种基因组装配作为一种社区资源的可用性将有助于研究人员更深入地了解珊瑚鱼的生态和进化。

该团队使用最先进的技术对橙色小丑鱼基因组进行测序。“我们开始使用单分子实时(SMRT)测序技术，这种技术最近才被大多数研究团体所接受，”该团队的分子生物学家Damien Lightfoot说。传统上，基因组测序通过阅读基因组的许多短片段然后解密和重新组装这些小片段来进行。但是，碎片越小，以正确的顺序将它们重新组合起来就越困难。SMRT测序与标准方法的不同之处在于产生相对长的DNA读数。

利用生物信息学程序和KAUST的超级计算核心实验室的资源，Lehmann和团队将DNA片段重建为更长的片段 - 平均长度为6.39万个核苷酸。

由于橙色小丑鱼基因组包含大约9.39亿个核苷酸，该团队使用另一种方法来确定基因组的不同部分彼此相邻的可能性。“通过这样做，我们能够将这些碎片放在一起组装几乎完整的染色体，”雷曼说。

该团队通过将其与26种其他鱼类的高质量基因组组件进行比较来评估其基因组装配的完整性。橙色小丑鱼基因组的完整性仅超过尼罗罗非鱼的完整性。有趣的是，目前可用的三种最完整的鱼类基因组组装是通过SMRT测序实现的。

该团队目前正在测序其他珊瑚鱼类的基因组，并计划对它们进行比较，以回答有关基因组结构和进化如何与鱼类性状差异相关的问题，例如它们对气候变化的反应。