Corymbia基因组扩展了萜烯合成知识

发布日期：2019-04-01 浏览次数：71

两个C. citriodora亚种的基因组注释拓宽了对桉树谱系中萜烯合酶基因家族的理解。

从桉树的独特气味到葡萄酒的味道，萜烯无处不在。多种植物生产的有机化合物，萜烯在植物生长，防御和环境相互作用中发挥着关键作用。萜烯在经济上也很重要，因为它们用于工业材料，药物产品和生物燃料前体。总共有数百种萜烯化合物来自桉树，这是一种属于桃金娘科(桃金娘科)家族的900种树种，含有密切相关的Angophora，Corymbia和Eucalyptus属。

Corymbia属是澳大利亚北部的特有种，但在其他国家越来越多地用于精油生产。最近组装了两个Corymbia citriodora亚种variegata基因组，使研究人员能够研究负责萜烯合酶(TPS)酶生产的基因的保守和进化。该酶家族对萜烯的合成和广泛多样性至关重要。直到最近，对TPS基因家族的研究仅限于两种桉树种，即巨桉和蓝桉。两个C. citriodora亚种的注释为研究桉树谱系中这个重要基因家族的保守和进化提供了极好的机会。由于萜烯是生物燃料生产的原料，

尽管与桉树密切相关的桉树和Corymbia物种在桉树中生长，但它们栖息在不同的环境中。桉树种类更喜欢凉爽，温带或亚热带环境，而Corymbia在澳大利亚较干燥的地区更为丰富，土壤质量较低，甚至在降雨量较少的沙漠地区也是如此。也就是说，Corymbia也可以在收到大量降雨的地区茁壮成长。先前对美洲大蠊参考基因组的分析是由美国能源部联合基因组研究所(美国能源部科学用户设施办公室)的研究人员组成的一项国际努力，揭示了目前任何一种测序植物中TPS基因数量最多的数据。然后是E. globulus。发生在群集或重复数组中，这些基因易于快速遗传扩增，这部分解释了自然界中萜类产品的多样性。作为美国能源部联合生物能源研究所(JBEI)提案的一部分，JGI致力于对几种桉树基因组进行重新测序，以确定从生物燃料生产角度出发的遗传特性的全基因组关联研究的可行性。通过使用基因组数据库比对工具，研究人员在C. citriodora中搜索了TPS基因。然后，他们将来自C. citriodora的推定基因列表与来自桉树物种和其他植物的已知TPS基因序列进行比较。将TPS基因和基因簇的位置与巨桉的位置对比，以发现两个物种之间基因组组织的差异。该期刊报道了这项工作作为美国能源部联合生物能源研究所(JBEI)提案的一部分，JGI致力于对几种桉树基因组进行重新测序，以确定从生物燃料生产角度出发的遗传特性的全基因组关联研究的可行性。通过使用基因组数据库比对工具，研究人员在C. citriodora中搜索了TPS基因。然后，他们将来自C. citriodora的推定基因列表与来自桉树物种和其他植物的已知TPS基因序列进行比较。将TPS基因和基因簇的位置与巨桉的位置对比，以发现两个物种之间基因组组织的差异。该期刊报道了这项工作作为美国能源部联合生物能源研究所(JBEI)提案的一部分，JGI致力于对几种桉树基因组进行重新测序，以确定从生物燃料生产角度出发的遗传特性的全基因组关联研究的可行性。通过使用基因组数据库比对工具，研究人员在C. citriodora中搜索了TPS基因。然后，他们将来自C. citriodora的推定基因列表与来自桉树物种和其他植物的已知TPS基因序列进行比较。将TPS基因和基因簇的位置与巨桉的位置对比，以发现两个物种之间基因组组织的差异。该期刊报道了这项工作 JGI致力于对几种桉树基因组进行重新测序，以确定从生物燃料生产角度出发的遗传特性的全基因组关联研究的可行性。通过使用基因组数据库比对工具，研究人员在C. citriodora中搜索了TPS基因。然后，他们将来自C. citriodora的推定基因列表与来自桉树物种和其他植物的已知TPS基因序列进行比较。将TPS基因和基因簇的位置与巨桉的位置对比，以发现两个物种之间基因组组织的差异。该期刊报道了这项工作 JGI致力于对几种桉树基因组进行重新测序，以确定从生物燃料生产角度出发的遗传特性的全基因组关联研究的可行性。通过使用基因组数据库比对工具，研究人员在C. citriodora中搜索了TPS基因。然后，他们将来自C. citriodora的推定基因列表与来自桉树物种和其他植物的已知TPS基因序列进行比较。将TPS基因和基因簇的位置与巨桉的位置对比，以发现两个物种之间基因组组织的差异。该期刊报道了这项工作来自桉树物种和其他植物的已知TPS基因序列的citriodora。将TPS基因和基因簇的位置与巨桉的位置对比，以发现两个物种之间基因组组织的差异。该期刊报道了这项工作来自桉树物种和其他植物的已知TPS基因序列的citriodora。将TPS基因和基因簇的位置与巨桉的位置对比，以发现两个物种之间基因组组织的差异。该期刊报道了这项工作遗传。

为了解这些TPS基因的基因表达和功能，澳大利亚研究人员对来自C. citriodora的不同组织的mRNA进行了测序。从这些样品中，发现总共127个TPS基因座，其中许多与来自其他植物的TPS基因具有高度序列相似性。研究人员在C. citriodora中报告了102个总推定的功能性TPS基因，与其他植物相比较高，并且与巨桉中的TPS基因数量相当。值得注意的是，在C. citriodora中发现的特定类型的TPS基因表明这些植物合成高水平的次级代谢物，其在生物和非生物胁迫响应中起作用。

总的来说，这项研究提高了我们对萜烯合成酶基因家族的认识，并向我们展示了一个大的TPS基因家族在桉树中是非常保守的。改进对该基因家族的进化和选择的了解可以帮助研究人员操纵TPS 基因以增加生物燃料开发的萜烯产量。