在其他相同的细菌菌株之间存在甚至几个基因的差异可能导致关键的表型差异。在这里,我们系统地识别微生物基因组结构变体(SVs),发现它们在人体肠道微生物组中普遍存在,并在不同的群组中复制。
SVs富含CRISPR相关和抗生素产生功能,并从管家基因中消耗,表明它们在微生物适应中起作用。我们发现SV与宿主疾病风险因素之间存在多种关联,其中许多在独立队列中复制。
探索聚集在同一SV中的基因,我们揭示了微生物组与其宿主之间的几种可能的机制联系,包括Anaerostipes hadrus中的一个区域编码复合肌醇分解代谢 - 丁酸盐生物合成途径,其存在与较低的宿主代谢疾病风险相关。
总的来说,我们的结果揭示了与微生物适应和宿主健康相关的微生物组的新生变异层。