以单细胞分辨率可视化胚胎中的DNA折叠和RNA

发布日期：2019-03-19 浏览次数：115

在发育过程中建立细胞类型需要基因和远端调节序列之间的精确相互作用。我们对这些相互作用如何在三个维度上看起来有限的理解，在复杂组织中的细胞类型不同，并且与转录相关。在这里，我们描述了染色质结构的光学重建(ORCA)，这种方法可以在纳米级精度和基因组分辨率达到2千碱基的单细胞中追踪DNA途径。

我们使用ORCA来研究冷冻切片果蝇中的Hox基因簇胚胎并平行标记约30种RNA。我们确定了活性和Polycomb抑制DNA之间的细胞类型特异性物理边界，以及意外的Polycomb独立边界。多梳独立边界的缺失导致异位增强子 - 启动子接触，异常基因表达和发育缺陷。总之，这些结果说明了体内高分辨率，单细胞DNA结构域分析的方法，鉴定随细胞特性变化的结构域结构，并显示边界元素有助于果蝇中物理结构域的形成。