低细胞数的表观基因组分析的有前景的方法

九州大学和日本东京工业大学的科学家开发出一种技术，可以使用极少量的细胞(100到1,000)分析DNA-蛋白质相互作用。他们的方法可以捕获以前未经检查的表观基因组信息，促进生物标志物的发现，并开辟精准医学的新途径。

九州大学，东京工业大学，早稻田大学，东京大学和大阪大学的研究人员开展的一项合作研究，开发了一种独特的表观基因组分析方法，涉及使用比现有方法更少的细胞。

这项名为染色质整合标记测序(ChIL-seq)的技术可以为科学家们研究稀缺细胞类型和其他短缺细胞样本开辟新的机会。ChIL-seq仅需要一小部分起始细胞材料。在一系列评估ChIL-seq性能的实验中，研究人员成功地证明了使用100至1,000个细胞检测组蛋白修饰和DNA结合因子。

在过去的十年中，染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)一直是分析表观基因组数据和鉴定DNA相关蛋白的重要结合位点的主要技术。然而，一个限制是ChIP-seq需要至少10,000个或通常数百万个细胞开始，主要是由于样品在两个关键步骤中往往丢失：染色质制备和免疫沉淀。

由东京工业大学创新研究所的Hiroshi Kimura和九州大学生物调节医学研究所的Okauyuki Ohkawa共同领导的研究小组通过用免疫染色取代上述两个步骤克服了样品丢失的问题，适用于分析组织标本的非破坏性方法。

使用ChIL-seq，该团队还在单细胞水平上检测到与组蛋白标记相关的基因组区域 - 这一成就使生物学家更接近建立单细胞分析的长期目标。

ChIL-seq可以在细胞分解之前“放大”靶分子附近的基因组序列，这对于研究贴壁细胞特别有用，即保持附着于培养板和免疫荧光后的全细胞。

目前世界各地正在开发许多不同类型的表观基因组分析方法。每个都有其优点和局限。研究人员指出，ChIL-seq也需要精炼。例如，在其目前的形式中，它对异染色质区域的敏感性低，并且可能需要三到四天才能完成该过程。

总体而言，他们相信ChIL-seq由于其精确性而具有前景，这使其适用于单细胞应用及其灵活性，这意味着未来可将其与其他强大的测序技术相结合。