新的大量细菌蛋白质数据集

来自瑞士和荷兰的科学家对22种不同生长条件下大肠杆菌表达的蛋白质进行了定量和定性分析。鉴定了超过2,300种蛋白质，一些平均水平为每个细胞一个拷贝。由此产生的数据集描述了细胞中大部分(> 90%)的蛋白质质量，并将成为细胞生物学家的宝库。第一份描述于12月7日在Nature Biotechnology上发表。

为了理解细胞中存在的基因组信息与其生理学之间的联系，重要的是评估哪些基因在不同条件下产生蛋白质中具有活性。收集此信息的最直接方法是定量测量细胞中存在的蛋白质。

最近技术进步使得绝对蛋白质水平的大规模测量成为可能。来自巴塞尔和苏黎世大学(瑞士)和格罗宁根大学(荷兰)的科学家联合起来测量了在22种不同条件下生长的大肠杆菌中的蛋白质。使用基于质谱的蛋白质组学方法，他们不仅确定了哪些蛋白质存在，而且还确定每个细胞有多少拷贝。

海量数据集

格罗宁根系统生物学教授Matthias Heinemann与亚历山大施密特(巴塞尔)一起协调实验，这是一个大规模数据集的结果，这将激发许多新的研究。他解释说，我们设法分析了这些细胞90%的蛋白质质量。“我们发现了超过2,300种不同的蛋白质，占4300种细菌基因的一半以上。” 这使得在大肠杆菌中绝对定量的蛋白质数量翻了一番。对于这些蛋白质中的一些，尚未建立任何功能。“但考虑到22种不同增长条件下的表达模式，我们现在对他们正在做的事情有了一个线索。”

蛋白质具有非常不同的表达水平，从每个细胞超过100,000个拷贝到平均两个，一个或甚至更少。“首先，这表明我们的方法有多敏感，但它也让你想知道蛋白质的功能是什么，表达水平非常低。” 虽然一些基因可以通过纯粹的随机效应活跃(并因此偶然产生蛋白质)，但海涅曼并不排除细胞中单个蛋白质拷贝的正常功能。“毕竟，像基因一样出现的单拷贝的其他生物实体确实具有一种功能。” 该研究还发现了对细菌蛋白质进行的新的翻译后适应性研究。

新问题

Nature Biotechnology论文中描述的数据集已经被其他科学家使用并引发了新的激动人心的研究。“我们的数据将作为新研究的参考数据，并且已经导致了一些正在发表的研究。该数据集允许科学家提出并回答新问题。

对于这项研究，在格罗宁根大学不同条件下生长的细菌。取样并运送到巴塞尔，在那里分离蛋白质含量(包括膜结合蛋白质)并使用质谱法分析。最后，整个团队对结果进行了分析。