强大的螨的显着动态基因组进化

西部果园捕食性螨基因组的测序和比较分析通过由日内瓦大学和SIB瑞士生物信息学研究所的科学家共同领导的国际研究工作揭示了有趣的极端基因组进化动力学。在发表在“ 基因组生物学和进化 ”杂志上的一项研究中，研究人员详细介绍了这种农业重要螨基因组的几个显着特征的初步见解，这种螨被广泛用于控制植物有害生物，每天有数千只被运往水果种植者。

作为几种破坏性农业害虫的主要天敌，捕食性螨Metaseiulus occidentalis在许多农业环境中被用作有效的生物防治剂。它最喜欢的一些猎物包括以蜘蛛螨为食，摧毁各种水果，包括草莓，苹果，桃子和葡萄。“40多年来，我一直在研究这些螨虫的行为，生态学和分子生物学，”美国佛罗里达大学的主要作者Marjorie Hoy教授说，“所以我非常热衷于对整个基因组进行测序以揭示完整的基因目录“为了探索这种具有重要农业意义的捕食者的独特生物学，研究人员将他们的研究重点放在了与猎物物种的瘫痪和口前消化相关的过程及其相当罕见的副倍体性别测定系统，以及它如何感知化学物质的研究中。来自周围环境的线索，保护自己免受感染。

与其他节肢动物物种相比，这种螨类基因组的进化历史一直特别有活力。例如，该团队的分析显示，与其他节肢动物相比，内含物的获得和损失要大得多。“这种螨基因中内含子的动态增益和损失与其与基因组组装草案最接近的亲属形成鲜明对比，Ixodes tick”描述了日内瓦大学和SIB瑞士研究所的主要作者Robert Waterhouse博士。生物信息学。他们确定了5个Dicer-2拷贝，这个基因几乎完全在其他节肢动物的单拷贝中发现，表明可能重新连接RNA处理途径。Hox基因对于确定动物身体计划很重要，并且位于几乎所有物种中的相邻基因簇中，迄今为止，被发现完全分散在螨的基因组中。“

“这些资源极大地改善了chelicerates的基因组取样，这种节肢动物迄今为止代表性很差，主要是由于与其常常非常大的基因组相关的挑战，”来自美国贝勒医学院的Stephen Richards教授说。进行测序。事实上，该研究的系统发育学分析的结果质疑了一些主要的燧石，蜱和蜘蛛的螯合组之间的关系，进一步强调了在该进化枝中改进基因组取样的必要性。因此，该参考基因组装配为该捕食性螨虫和其他蜘蛛类的未来功能基因组和分类学分析提供了有价值的新的高质量资源。