呼吁进行微生物组科学国家数据管理

大量数据需要基础设施以便于访问使用的方式管理和存储信息。虽然技术已经扩大到允许研究人员在一个环境中对其微生物群落进行排序和注释(其“微生物组”)，但是在不断增加的规模上，数据管理方面尚未并行开发。

在2016年5月16日在线发表的“ 微生物学趋势”论文中，美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)的研究人员呼吁组建国家微生物组数据中心，以便有效管理全局累积的数据集。通过整合和利用所有可用的微生物组数据和元数据，研究人员可以进行更大规模的比较分析，以应对与能源，环​​境，健康和农业相关的全球挑战。

“开始最大努力了解地球微生物群的时机已经成熟，”能源部JGI原核生物超级项目负责人兼该研究的第一作者Nikos Kyrpides说。“生物序列数据应被视为生物系统研究的工具，类似于天文望远镜和高能物理的粒子加速器。”

国家微生物组倡议的补充

及时的出版物补充了白宫推出的国家微生物组计划，该计划的重点是比较生态系统中的微生物群落，以确定塑造所有微生物组的“组织原则”。该团队写道，国家微生物组数据中心将“组织，处理和提供所有可用的环境基因组数据”。

Kyrpides和他的同事们发现了与近视相关的微生物组研究中的三个瓶颈：缺乏一个超越“一次性”微生物组数据集的宏伟愿景，而是一个更具凝聚力的集合; 缺乏机构间资金模式; 有限的国际数据标准阻碍了全球研究界有效开展比较分析的能力。已有多种大型数据管理系统可供帮助，包括由DOE JGI科学家运行的综合微生物基因组(IMG)系统和基因组在线数据库(GOLD)系统。这些资源允许研究人员分别访问和分析公开可用的组装微生物和微生物组数据和元数据。此外，

作为微生物研究量表的大视野

“在支持从大数据(即跨研究)中提取知识的适当资金方面，缺乏宏伟的愿景，”Kyrpides说。“此外，非常缺乏对无数微生物组样本进行语境化所需的参考数据。这些数据是解释微生物组如何运作的基础，以及它们如何在它们所居住的环境和宿主中相互作用的基础。系统解码微生物及其环境以填补我们数据库中的差距是迈向假设驱动科学的关键一步，可以更好地了解微生物的生命。“

能源部有传承大型项目的传统 - 从第一个粒子加速器到其启动人类基因组计划的角色，DOE JGI对微生物组研究并不陌生，报告了微生物群落的第一个基因组特征。在过去十年中，微生物组研究规模不断扩大，涉及白蚁后肠，牛瘤胃，墨西哥湾食油微生物群，草原土壤和永久冻土等项目。通过社区科学计划，与DOE JGI合作开发了最大的氧气最小区域数据集，以及被描述为病毒生态学界的“唯一系统和定量准备的数据集”。

“在微生物基因组学第三个十年的曙光，以及信息时代的到来，建立国家微生物组数据中心可以为了解地球的微生物组铺平道路，”Kyrpides说。