新的和改进的单细胞RNA测序方法

单细胞分析使研究人员能够将单个细胞从群体中分离出来，这超出了传统体分析方法所能提供的分析能力。单细胞RNA测序可以发现罕见的细胞群体，基因之间的调控关系，并确定细胞谱系在发展过程中。康奈尔大学的一个研究小组对现有的单细胞RNA测序方法进行了改进，使这项技术更加有用。

2015年，哈佛大学(Harvard University)和麻省理工学院(Massachusetts Institute of Technology)的研究人员引入了Drop-seq技术。Drop-seq是一种利用纳米尺度的液滴，在每个细胞的RNA上附加一个唯一标识符，同时有效地表征数千个细胞的身份。在Drop-seq中，单个细胞被标记的微粒包裹，这些微粒可以启动细胞mRNA的逆转录。“这些技术非常受欢迎，因为它们降低了这类分析的成本，让它们变得大众化，让它们对许多实验室来说变得非常便宜和容易，”康奈尔大学(Cornell University)生物医学工程助理教授伊维恩·德·弗拉明克(Iwijn De Vlaminck)博士说。

然而，Drop-seq的缺点是只能识别特定类型的信使RNA (mRNA)分子，这限制了潜在的分析范围。De Vlaminck博士和他的同事设计了一种简单、廉价的Drop-seq协议，可以在单个细胞中实现多路扩增子测序和转录组分析。他们将这种新的方法称为单细胞测序法(DART-seq)。

他们的工作,最近发表在《自然方法》在一篇题为“同步多路复用在单个细胞扩增子序列和转录组分析,“显示了一个有效的方法来保持酶的定制珠执行常规Drop-seq分析之前,它允许更大的复苏和分析各种各样的分子比可以通过Drop-seq测序。

除了作为一种改进的单细胞测序方法，DART-seq还可能在感染和免疫学方面有所发现。研究人员使用DART-seq技术同时对一种节段dsRNA病毒的非a尾转录本和感染细胞的转录组进行了鉴定。此外，他们还利用rt -seq法同时测定了B淋巴细胞的天然配对可变区重链和轻链扩增子以及转录组。该技术可以识别病毒感染的细胞，量化病毒和宿主基因的表达，从而在单细胞水平上检测宿主对感染的反应。

“单个病毒物种可以非常多样化，这种多样性使它们能够做出非凡的事情，”德弗拉明克实验室的研究生、论文的第一作者之一菲利普伯纳姆(Philip Burnham)说。“所以如果你能缩小到单细胞水平，你就能看到病毒的微小变化是如何导致细胞对这种小突变的反应发生巨大变化的。”

Mridu Saikia博士是De Vlaminck实验室的博士后，也是这篇论文的第一作者之一。“癌细胞是一个非常不均匀的群体，”她说，“当你不在单细胞水平上观察它们时，你往往会错过重要的信息。”所以我们的技术也允许这样做。