用于单细胞分析的新的快速且稳健的方法

我们身体中的许多细胞类型以模糊的方式工作，科学尚未完全理解。这也适用于免疫细胞，这对于保护我们免受严重疾病至关重要。

为了克服这一障碍，研究人员付出了很多努力来寻找研究单个细胞内部工作的新方法。

“挑战不仅仅是将单个细胞与组织样本分离。我们还需要找到一种方法来确定个体细胞的功能”，生物化学与分子生物学系助理教授兼首席研究员Kedar Nath Natarajan说。 ，南丹麦大学。

在由Wellcome Sanger研究所的Kedar Nath Natarajan和Xi Chen领导的一项新研究中，一个研究小组开发了一种新的方法，用于显微镜分析器官和组织内的微小单细胞。

这种新方法可以分析来自脾脏的3000多个细胞，这是各种免疫细胞的热点; 细胞可抵抗感染，但也能提供日常免疫力和反应。

不断开发新方法以显微镜观察器官和组织内的微小单细胞。原则是研究生物体的基本蓝图，即DNA以及如何将其包装在单个细胞内。这种包装被称为染色质，并指示蓝图中哪些基因被打开和关闭，从而确定它是否变成血细胞，皮肤细胞，免疫细胞，癌细胞或其他类型的细胞。

“我们的新方法描述了单个细胞内的染色质，并提供了一种强大，可扩展且更便宜的替代现有技术的方法，这些方法需要昂贵的基础设施，专用试剂和设备，”Kedar Nath Natarajan说。

与Wellcome Sanger研究所的第一作者Xi Chen一起，他领导了新方法的开发，并介绍了各种细胞，包括免疫细胞，干细胞等.Wellcome Sanger研究所的其他贡献者是Ricardo J Miragaia，这项工作已经完成在通讯作者Sarah A Teichmann的实验室里。

论文的摘要给出了这样的描述：

使用测序(ATAC-seq)对转座酶可接近的染色质的测定广泛用于鉴定整个基因组中的调节区域。然而，由于技术挑战，在单细胞水平(scATAC-seq)进行的研究很少。在这里，我们开发了一种简单而强大的基于板的scATACseq方法，将前端批量Tn5标记与单核分选相结合。我们证明了我们的方法在各种系统中运行稳健，包括来自原发组织的新鲜和冷冻保存的细胞。通过分析超过3,000个脾细胞，我们识别不同的免疫细胞类型并揭示细胞类型特异性调节区域和相关转录因子。