狗粪微生物组预测犬炎症性肠病

我们的肠道微生物组 - 生活在消化道中的各种微生物 - 可能在炎症性肠病(IBD)中发挥作用。由于狗也可能患有IBD，加州大学圣地亚哥分校医学院的研究人员分析了患有和不患有该疾病的狗的粪便样本。他们发现了一种指示犬体内IBD的微生物模式。该团队准确率超过90%，能够利用这些信息预测哪些狗患有IBD，哪些狗没有。然而，他们还确定狗和人类的肠道微生物组不足以使用狗作为患有这种疾病的人的动物模型。

“关于IBD在人类中真正令人沮丧的事情之一就是难以诊断 - 它通常需要进行肠道活检，这不仅是不完美的，而且是侵入性的，并且收集起来很昂贵，”资深作者Rob Knight博士说，该部门的教授加州大学圣地亚哥分校医学与计算机科学与工程学院儿科学系，加州大学圣地亚哥分校微生物组创新中心主任。

Knight表示，与健康人相比，大多数患有IBD的人在肠道中的微生物类型有相似的变化。然而，通过观察粪便样本中的微生物，仍然难以从IBD患者中辨别健康人群。此外，Knight表示目前尚不清楚与IBD相关的微生物模式是否会导致疾病的原因或是该疾病的结果。

在另一项研究中，宠物似乎是房屋中微生物共享的渠道。骑士和合作者以前发现，在成人皮肤的微生物群落平均更类似于自己的狗比其他狗。通过相当精确的精确度，他们可以根据您的微生物组中的重叠从人群中挑选您的狗。

在这项最新研究中，Knight和团队收集了来自85只健康犬和65只狗的粪便样本，这些狗患有胃肠道疾病的慢性症状和病理证实的炎症变化。为了确定每个样本中存在哪些微生物物种，他们使用Knight技术和合作者推广，称为16S rRNA测序，基于它们所拥有的独特基因，快速鉴定出生活在混合样品中的数百万种细菌。

通过这些信息，研究人员能够找到IBD和非IBD犬中发现的微生物物种的相似性和差异。差异非常显着，可以将IBD犬粪便与非IBD区分开来，准确率超过90%。

研究人员还将狗数据与2014年人类平行发现进行了比较。研究小组发现狗和人之间IBD样本的微生物相互作用有一些相似之处，但重叠只是部分的。例如，梭杆菌属细菌与人类疾病有关，但在犬中与非IBD样品有关。

该研究的第一作者YoshikiVázquez-Baeza是加州大学圣地亚哥雅各布斯工程学院计算机科学与工程系的研究生，也是奈特实验室的成员，他指出该研究的潜在局限性 - 健康人体样本比IBD少。 2014年人类数据集中的样本。但他说，据他们所知，他们的统计方法不应受此影响。

“这项研究的一个非常好的事情是，我们用于分析数据的所有统计软件包都可以在线获得，任何人都可以看到我们的确切计算，”Vázquez-Baeza说。“我们经常阅读一篇有趣结论的研究报告，但作者到达目的地并不完全清楚。这种方法更加开放和透明。”

Vázquez-Baeza说，这种诊断犬IBD的方法还没有给兽医或狗主所用。展望未来，研究人员希望研究一系列动物中IBD和非IBD肠道微生物组的重叠。例如，动物园动物比野生动物更经常体验IBD，研究它们可能有助于Knight，Vázquez-Baeza和团队在物种中发现IBD中的关键微生物参与者。

IBD是一系列疾病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。IBD的特征在于消化道中的慢性炎症，其可引起疼痛，严重腹泻和体重减轻。IBD可能使人衰弱，有时会导致危及生命的并发症。疾病控制和预防中心(CDC)估计有超过100万美国人患有IBD。