来自千种植物转录组的数百万个基因座

科学家在开始新项目时面临许多限制。通常最大的限制是预算很少。这就是为什么由佛罗里达大学的研究人员带领的科学家团队最近致力于使基因研究的一个方面更便宜，更容易。在最近一期“ 植物科学应用”中发表的两篇配套论文中，他们为使用微卫星的研究项目和500多万个微卫星资源提供了指导，用于各种植物物种。

微卫星是在植物基因组分析中发挥越来越重要作用的遗传标记。植物育种者可以在进行杂交时使用它们来测试所需基因的存在。遗传学家可以利用它们揭示个体和群体之间的关系。分子生物学家可以用它们来构建基因组图谱。微卫星已经普及，因为它们可以通过PCR容易地检测到，并且在整个基因组中丰富且广泛分布。

“遗传标记是量化生物多样性的绝佳工具。我们仍然只在地球上命名了一小部分物种(更不用说详细研究它们了)，还有很多工作要做，以了解生命的多样性。我们的星球，“佛罗里达大学生物系博士生Richard Hodel解释说。

研究人员利用One Thousand Plant Transcriptomes项目的序列数据确定了微卫星。该项目缩写为1KP，极大地促进了研究界可用的植物基因组数量。在线数据库目前包含来自绿色植物物种的1334个转录组样品。

“我们觉得有一个巨大的资源只是坐在那里 - 1KP项目 - 可以用来帮助植物研究人员社区，”Hodel解释说。

本文还描述了可用的遗传数据，如1KP项目和其他序列档案提供的遗传数据，可用于超出其原始意图的目的，如标记开发。

“通常，启动项目的最初障碍是确保开发遗传标记的资金，如果没有可用于感兴趣的研究系统。我们的微卫星资源将允许研究人员搜索可用于多种物种的基因座，自由。”

在配套文件中，Hodel和他的同事将微卫星的实用性与下一代测序技术和新兴技术(如测序基因分型(GBS)和限制性位点相关的DNA测序(RAD-Seq))进行了比较。他们发现微卫星对于低预算的研究项目以及具有低质量DNA样本的研究人员来说更具成本效益。该评价表明微卫星比新方法更便宜，特别是如果已经开发了基因座。该论文在附录中包含预算，以便了解某项研究可能花费多少。

“我们为使用遗传标记开始研究项目的任何人写了这篇文章。我想我在开始攻读博士学位时总是考虑自己并且不得不设计一个项目。我试着记住当我读书时我想听到什么建议。开始学位论文项目。我们不仅在编写本指南时考虑学生 - 目标是为人们提供实际指导并让他们考虑所有选择，“Hodel说。