DNA病毒和逆转录病毒数据库在IMG平台上首次亮相

在“ 核酸研究 ”杂志的数据库问题上发表的一系列四篇文章中，DOE JGI研究人员报告了几个可公开访问的数据库和计算工具的最新更新，这些数据库和计算工具使全球微生物研究人员受益。一份报告侧重于新的数据库专用全球病毒多样性。

微生物在维持地球生物地球化学循环方面发挥着关键作用。被认为比微生物多10倍的病毒对微生物存活和群落相互作用产生重大影响。测序技术的进步产生了大量关于这些病毒的数据，需要工具来管理和解释信息。这些更新侧重于与生物能源和环境中的DOE任务相关的微生物基因组学和病毒的​​数据库分析工具。

提供高质量，可公开访问的序列数据与开发和维护研究社区可以利用的数据库和工具以帮助回答科学问题密切相关。在将于2017年1月1日发布的期刊“ 核酸研究 ”杂志的数据库问题上，美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)的研究人员描述了一个名为IMG / VR的数据库(https： //img.jgi.doe.gov/vr/)，IMG / VR是最大的公共可用数据库，有3,908个分离的参考DNA病毒和264 413个计算鉴定的病毒重叠群，来自> 6000个生态多样的宏基因组样本。

IMG / VR附带了一个综合计算平台，将所有这些序列与相关的元数据和分析工具相结合，紧接着最近在自然界中开展的DOE JGI病毒多样性研究报告。自2014年发布的最新一组报告以来，同一期刊中的其他文章描述了几个可公开访问的交互式数据库的更新。例如，截至2016年7月，微生物组样本的综合微生物基因组中有47,516个古菌，细菌和真核基因组。 (IMG / M：https：//img.jgi.doe.gov/m/研究人员指出，该数字“代表自2013年9月以来增长超过300%”。IMG / M包含：来自培养生物的古菌，细菌，真核和病毒基因组的注释DNA和RNA序列数据; 单细胞基因组(SCG)和来自未培养的古细菌，细菌和病毒的宏基因组的基因组; 来自环境，宿主相关和工程微生物组样品的宏基因组。

另一篇论文涉及Genomes在线数据库(GOLD：https：//gold.jgi.doe.gov)，这是一个手动策划的数据管理系统，它使用来自世界各地的相关元数据对测序项目进行编目。在当前版本的GOLD(第6版)中，所有项目都是基于四级分类系统组织的，包括研究，生物体(用于分离物)或生物样品(用于环境样品)，测序项目和分析项目。第四篇论文侧重于生物合成基因簇的综合微生物基因组图谱(IMG-ABC：https：//img.jgi.doe.gov/abc/)。IMG-ABC于2015年推出，允许研究人员搜索生物合成基因簇和次级代谢产物，他们的最新更新现在整合了ClusterScout，这是一种针对数千种分离微生物基因组定制生物合成基因簇的工具，以及新的搜索功能。