DNA标记区分无害 致命的细菌

导致疾病tularemia或“兔子发烧”的致病病原体在过去的世界大战中被武器化，被认为是一种潜在的生物武器。通过对弗朗西斯科细菌的新研究，洛斯阿拉莫斯国家实验室的研究人员正在努力利用DNA标记来识别相关但相对无害的物种，并确定它们，并提供一种方法来区分它们与有害的土拉弗朗西斯菌。

洛杉矶阿拉莫斯国家实验室的生物能源和生物组科学小组的相应作者Cheryl Kuske说：“这项大型研究特别值得注意的是，它使用了31种公开可用的基因组加上来自大约90种其他分离株的精选基因。” 该论文发表在最新一期的应用与环境微生物学(AEM)上。

该小组的工作包括开发一种全面的，基因组学对生物及其环境的理解，作为实验室对能源及其影响的能源安全研究的一部分。“我们对全基因组方法进行了标准的单基因和多基因比较，并确定了潜在的毒力因子，以区分新物种与更传统的物种。由于与疾病控制和预防中心(CDC)的协调，我们现在有一个即使只有部分信息可用，也可用于识别新菌株或环境检测的框架，“库斯克说。

通过偶然接触受感染的兔子，猫，啮齿动物或其他动物(以及可能在其上的蜱或跳蚤)，人类很容易发生tularemia。该疾病表现为多种形式：伴有关节疼痛，咳嗽或肺炎的发烧和寒战，或腹痛和窘迫。根据疾病预防控制中心的数据，死亡率取决于疾病的形式，从2%到24%不等。由于这种严重程度，疾病预防控制中心使土拉菌病成为可报告的疾病，并且像引起炭疽和鼠疫的病原体一样，它被认为是生物武器。

通过详细的基因组比较，序列比对算法和其他生物信息学工具在Los Alamos计算机上运行，​​Los Alamos团队确定了区分F. tularensis和其他新型临床和环境Francisella分离株的特征，为比较新序列提供了知识库。临床或环境调查。

库斯克说：“对于西南地区的居民来说，土拉菌病爆发是地方病并可能危及生命，因此手头有更多识别工具非常有价值。” 然而，这些分离株的分布是全球性的，这表明全世界分布的鱼类，蜱和各种环境来源的弗朗西斯菌有机体。该小组指定了该属内的四个新物种群; Francisella opportunistica，一种免疫受损患者的机会性病原体; Francisella salina和Francisella uliginis，来自德克萨斯州加尔维斯顿附近沿海海水的环境分离物; 和来自加利福尼亚冷却塔水的Francisella frigiditurris。