CRISPR在新的筛选方法中符合单细胞测序

使用CRISPR / Cas9“基因剪刀”进行基因组编辑是生物发现和鉴定新药物靶标的有力工具。在汇集的CRISPR筛选中，使用针对数千种不同基因的CRISPR指导RNA同时编辑大量细胞。接下来，通过实验选择一些编辑的细胞，并计数它们的指导RNA以确定哪些基因对于研究的生物学机制最重要。

该筛选方法是解决直接链接到一个细胞的生长能力的问题，对于保护例如癌症基因鉴定最有用的细胞反对对艾滋病病毒感染化疗或免疫细胞。相反，合并的筛选不适合研究基因调控和其他复杂的生物学机制。为了理解多个基因如何协同调节细胞状态，目前有必要为每个CRISPR靶向基因分别生长，编辑和分析细胞，这是繁琐且昂贵的。

在自然方法发表的一篇新文章中，由Christoph Bock领导的CeMM科学家团队现在提出了一种方法，该方法结合了汇集和排列的CRISPR屏幕的优势。通过将CRISPR 基因组编辑与单细胞RNA测序相结合，他们能够并行地确定许多基因的基因调控影响，在单个实验中研究数千个单个细胞。

Bock的团队成功地采用了优雅的设计，利用了尖端的分子技术：该研究的第一作者Paul Datlinger创建了一种病毒载体，用于在单细胞测序实验中使CRISPR指导RNA可见，以及最新的基于液滴的方法单细胞RNA测序提供了足够的通量来表征个体细胞中数千个基因组编辑事件的影响。

创造性地结合了两个最有前途的基因组学领域，CROP-seq(用于“CRISPR液滴测序”)方法能够以其他方法难以实现的规模和细节进行基因调控的高通量分析。此外，随着单细胞测序成本的下降，该技术可以产生人类基因组中23,000个基因中每个基因的调控效应的第一个综合图。

“我们将使用CROP-seq研究白血病发展中遗传和表观遗传因素的相互作用”，Christoph Bock说，推进实验室欧洲研究委员会(ERC)资助的表观基因组编程项目。“如果我们了解在试管中制造癌细胞需要什么，我们就能找到干扰和将细胞恢复到危害较小的状态的新方法”。

CROP-seq是作为开源方法开发的。作为CROP-seq一部分的所有数据，协议，试剂和软件将由CeMM自由共享，使其他科学家能够在自己的工作中使用和扩展该方法。尽可能广泛提供新方法的雄心是CeMM致力于推动生物医学研究的一部分。