组成肠道微生物组是一个由宿主驱动的项目

烘烤酵母面包需要起始剂，哺乳动物肠道也是如此，它们首先被母亲的微生物群落定殖，然后随着时间的推移获得更多的微生物。这些肠道微生物群落对于保持健康和抗击疾病非常重要，这就是为什么美国国立卫生研究院于2008年发起的人类微生物群项目正在通过测序和组装参考目录来研究填充人体的微生物群落。这涉及美国能源部(DOE)联合基因组研究所(JGI)的研究人员。

当HMP开始实施时，亚利桑那大学的DOE JGI合作者Howard Ochman专注于一个单独但相关的问题：确定肠道微生物组是否受宿主或饮食等环境因素的影响更大。在11月16日在线发表于PLoS Biology的研究中，Ochman及其同事，包括前DOE JGI科学家Phil Hugenholtz，现任澳大利亚昆士兰大学澳大利亚生态基因组学中心主任，研究了几种灵长类动物的肠道微生物群落并进行了比较它们是两个人的肠道微生物群。结果表明，宿主，而不是饮食或地理等环境因素，对这些微生物群落的构成影响最大。

使用从非洲本土收集的粪便样本，Ochman和他的同事对几种灵长类动物 - 东部和西部低地大猩猩，倭黑猩猩和三种黑猩猩亚种 - 的肠道中的微生物群落进行了测序，以确定它们的成分构成，并将结果与来自人类采集的样本。他们发现肠道微生物群落是物种特异性的，并且在进化时间尺度上跟踪它们的宿主。即使肠道社区受到诸如疾病等因素的干扰，这种进化信号似乎也是可辨别的。

“宿主系统发育是决定巨猿肠道微生物群微生物组成的最重要因素，”Ochman和他的同事们在他们的研究中得出结论，并补充说这一发现与之前的观点形成鲜明对比，即饮食是控制灵长类动物肠道微生物的最重要因素。 “。