科学家在一次性DNA中发现未知病毒

机会发现开辟了一种寻找未知病毒的新方法。在发表在病毒进化杂志上的研究中，牛津大学动物学系的科学家们发现，新一代测序及其相关的在线DNA数据库可用于病毒发现领域。他们开发了一种算法，可以检测碰巧在鱼血或组织样本中的病毒DNA，并可用于识别不同物种的病毒。

新一代测序已经彻底改变了基因组学研究，目前用于研究和理解遗传物质。它允许科学家从单个DNA中收集大量数据，然后将其整理成可公开访问的巨大的在线基因组数据库。

牛津大学动物学系研究员Aris Katzourakis博士和Amr Aswad博士最初偶然发现了数据库的新用途。在灵长类动物中寻找古老的疱疹病毒时，他们发现了两种新的无证病毒的证据。

在他们意外发现的刺激下，他们开始考虑是否可以故意达到相同的效果。在另一个寻找新的鱼类感染疱疹病毒的项目中，他们使用该技术检测了50多种鱼类基因组，以获得可识别的病毒DNA。果然，除了他们期望找到的疱疹病毒外，研究人员还发现了一系列不同寻常的病毒 - 甚至可能是一个新的病毒家族。这些特征散布在15种不同鱼类的碎片中，包括大西洋鲑鱼和虹鳟鱼。

为了确认病毒证据不仅仅是侥幸或数据处理错误，他们测试了当地超市和寿司餐厅的额外样品。在购买的样品中发现了相同的病毒片段。

研究作者，来自牛津大学动物学系的Aris Katzourakis博士说：“在鲑鱼基因组中，我们发现了一个完整独立的病毒基因组，以及几十个整合到鱼类DNA中的病毒DNA片段。我们从最近的研究中了解到，病毒能够整合到宿主的基因组中，有时会在那里保存数百万年。在这种情况下，看起来病毒可能通过窃取鲑鱼本身的基因而获得整合的能力。 ，它解释了它如何在鲑鱼基因组中如此普遍。“

这项研究成功的关键在于其跨学科方法，结合了两个领域的技术：进化生物学和基因组学。它们共同构成了古代病理学新领域的核心 - 古代病毒的研究将DNA转化为宿主，有时是数百万年前。使用的每种技术都被开发用于分析大量的DNA序列数据。

牛津大学动物学系和圣希尔达学院的共同作者和研究助理Amr Aswad博士说：“发现新病毒历来偏向于表现出疾病症状的人和动物。但是，我们的研究显示下一代有用DNA测序可以用于病毒鉴定。对许多人来说，病毒DNA，例如黑猩猩或猎鹰数据是一种麻烦，一种流氓污染物需要从结果中过滤掉。但我们认为这是一个等待被利用的机会，因为他们可以包括值得研究的新病毒 - 正如我们在研究中发现的那样。我们可能会抛弃非常有价值的数据。“

发现新病毒在历史上并不是一个简单的过程。细胞不能自行生长，因此必须在实验室培养才能进行分析，这需要数月的工作。但牛津大学的研究为未来提供了巨大的机遇。

除了这项研究之外，该方法还可用于识别一系列不同物种的病毒，特别是那些已知存在传染性疾病的病毒。例如，蝙蝠和啮齿动物是传染病的臭名昭着的载体，它们似乎对它们免疫。蚊子等昆虫也是伤害人类的病毒性疾病的携带者，如寨卡病毒。如果有效地应用该方法可以在爆发甚至发生之前发现其他病毒。

Katzourakis博士补充说：“与更传统的病毒学方法相比，这种技术的真正优势之一是发现的速度，以及缺乏对识别患病个体的依赖。收集的病毒数据，否则可能被丢弃令人讨厌的是，寻找致病和良性病毒的独特资源，否则这些病毒将无法被发现。“

该团队接下来将开始确定病毒的影响，以及它们是否对疾病或商业养鱼有任何长期影响。虽然感染性病毒可能不会在其天然宿主中引起疾病​​ - 在这种情况下，鱼类。存在跨物种传播给养殖鱼类或野生种群的风险。

然而，对人类的风险很小。Aris Katzourakis博士说：“就这样说，我不会停止吃生鱼片。”