新的RNA测序策略提供了洞察微生物的条件

芝加哥大学的研究人员已经开发出一种高通量核糖核酸测序策略研究肠道微生物的活动，新工具分析转移核糖核酸分子,罗塞塔石碑DNA编码的遗传信息翻译成蛋白质执行基本的生物功能。开发一个明确的tRNA动力学将让科学家了解天然微生物的活动,并研究其对环境变化的反应,如不同的温度或改变可用性的营养。

在一项新的研究发表在《自然通讯,一组科学家为首道,博士,生物化学和教授分子生物学,a Murat、博士UChicago医学助理教授,展示了应用程序的tRNA测序的直觉微生物组样本的老鼠被喂食低脂肪或高脂肪的饮食。

新的软件和计算策略的研究中,研究者描述了创建了一个目录的tRNA分子从肠道中恢复过来样品,跟踪他们回到细菌负责表达式,并测量化学修改的tRNA转录后发生。

平均每个tRNA在细菌中有八个化学修饰,可以调整其功能。新的高通量测序和分析策略检测两个,但它也可以测量修改等级从0到100%在每个站点上。的水平的一个修改,称为m1A,高在肠道微生物组的老鼠喂食高脂肪的饮食。这是第一次科学家已经能够看到任何微生物tRNA修改水平变化。

“我们正在倒退,”潘说。“我们没有先入为主的概念为什么m1A tRNA的修改实际上或他们在做什么,但是看到任何修改变化的微生物是前所未有的。”

m1A修改帮助合成某些类型的蛋白质可能更丰富的高脂肪食物。研究人员还不知道如果这些修改饮食差异发生在回应,或者如果他们已经存在并成为积极加强这些蛋白质的合成。

一系列微生物的研究是第一次从UChicago项目由凯克基金会的资助。锅已经率先使用tRNA测序工具,和格兰特将基金继续努力使他们普遍通过新的计算策略,Eren发展。大型数据集的生成的tRNA测序可以提供关键的见解微生物与人类或环境以较低的成本。

“分子和计算的进步,出现了在过去的二十年里只有帮助我们抓的表面微生物及其对周围环境的影响,“Eren说。“通过提供快速和负担得起的见解转化的核心机械、tRNA测序不仅可能成为一种获得微生物反应微妙的见解环境变化不容易被测量通过其他方式,但也带来更多的生物学和RNA RNA表观遗传学到微生物的快速发展的领域。”

锅和Eren一致认为,这部小说有很多改进空间策略,他们希望它能很快发生。

“有多种方式检查微生物活动,但没有什么是更快,让你比排序的数据量,”潘说。“我们已经开发出一种新方法,微生物通过tRNA的报道活动,所以在高吞吐量。这才是真正的价值。”