研究人员成功发现单个细胞总RNA序列

相结合的方法,研究人员从日本先进的计算和通信中心(ACCC)在日本已经开发出一种方法,让全身的测序单个细胞总RNA的。这样的完整测序的能力是重要的了解单个细胞在生物系统开发和功能。

已经取得了很大的进步在解码基因组和transcriptome-RNA表达不同的物种和生物,但是仍有许多工作要做在个人理解正在发生的事情细胞。到目前为止的一个关键挑战单细胞RNA序列,一个技术解码一个细胞的转录组,已经很难确定的RNA序列不polyadenylated-a类型的修改,在几乎所有的信使RNA。Non-polyadenylated rna表达较低,结构稍有不同。最近的研究表明,non-polyadenylated rna参与不同的细胞功能和疾病。尽管它们的重要性、方法到目前为止已无法检测到non-polyadenylated rna或只能检测灵敏度很低。

为了克服这个限制,日本科学家联合多种方法来开发一个系统名为随机位移放大测序(RamDA-seq),这是高度敏感的腺苷和non-polyadenylated rna和强烈的免疫类型的偏见,常常发生在测序。结果发表在《自然通讯。

通过一系列的测试,他们决定RamDA-seq也很敏感,具有良好的重现性。他们发现,它可以提供超长成绩单的全长序列,和非常敏感,不同于以往的方法,non-polyadenylated rna。他们应用RamDA-seq鼠标胚胎干细胞和正确检测到已知的rna序列,以及额外的序列没有之前所知。

使用RamDA-seq,科学家发现一些感兴趣的事实。首先,他们表明non-polyadenylated rna是动态监管的方式取决于分化状态,所以单个细胞在不同的阶段可能会表达他们不同。他们还发现了一个独特的现象被称为递归拼接,得到了关注最近夹杂某些基因,同时能够分析这些单细胞水平。最后,他们发现RamDA-seq有助于理解活动的增强器RNAs-RNAs反映监管的功能基因组区域。

领导人根据Itoshi Nikaido ACCC的生物信息学研究中心,“我们很兴奋的积极的结果从这个新系统,并非常希望世界各地的研究人员将能够使用它来给我们基因表达的新见解单个细胞,让我们更好地理解的复杂性生物系统."