在过去的二十年中,新的DNA测序方法一直在革新生物学。但是大部分的开发都是在高通量方法中产生许多短DNA读数,如果它包含重复序列,如通常在一些细菌病原体中侧翼新获得的抗生素抗性基因,那么基因组序列难以组装。
由东安格利亚大学的Justin O'Grady领导的一组科学家的新报告使用了一种名为MinION的新型“长读取”DNA测序装置,以确定导致伤寒的细菌菌株如何变得耐药多种抗生素。他们在自然生物技术1报道,该团队,包括沙特阿拉伯利雅得国王费萨尔专科医院和研究中心的Salvatore Rubino,在短短18个小时内在伤寒沙门氏菌H58中发现了抗生素抗性基因岛。
“由于基于实验室的大量测序后分析,这种分析以前需要数月才能使用传统方法,”O'Grady说。
MinION使用纳米孔DNA测序技术,其中DNA链通过嵌入膜中的孔蛋白,在膜上施加电压。电流的微小波动表明通过孔的DNA碱基序列。Minion音序器只有USB记忆棒的大小,明年将售价650英镑左右。
“这种技术使得下一代测序可供所有科学家使用,”奥格雷迪说。“MinION技术可能有助于细菌鉴定,传染病的诊断以及在临床需要时检测耐药性。”