发现重大技术错误将改善表观遗传学研究

瑞典林雪平大学的研究人员表示，表观遗传学中最广泛使用的一种方法DIP-seq中的错误可能会导致误导结果。这在研究领域具有重要意义，其中“大数据”和先进的DNA分析方法被用于研究大量的表观遗传数据。可以在先前收集的DIP-seq数据中纠正该错误，这可能导致先前对人类表观遗传学的研究的新发现。结果发表在“自然方法”杂志上。

原则上，我们体内的每个细胞都具有相同的DNA序列。然而，不同的细胞类型使用非常不同的基因组。这意味着需要额外的信号来控制在每种单独细胞类型中使用哪些基因。一种这样的信号由直接连接到DNA序列的化学基团组成。DNA序列的这些化学修饰形成通常称为“表观遗传密码”的部分。基因的表观遗传调控在正常人类发育中起重要作用，但也与许多疾病如癌症有关。

林雪平大学的研究人员现在发现了表观遗传学研究中最常用的方法之一 - DNA免疫沉淀测序(DIP-seq)。简而言之，这种方法基于挑选携带特定表观遗传信号的DNA部分。为此，研究人员使用各种抗体识别特定的化学结构并与之结合。随后对抗体进行分选，并确定它们结合的DNA序列。Nestor的研究小组注意到某些表观遗传标记总是发生在同一个地方，即使DNA根本不应该包含那些表观遗传标记。

“我们的研究结果强调了在研究中使用高通量技术时实验验证的重要性。如果没有这样的实验严谨性，普遍存在的误差可能隐藏在视线范围内，并且在研究中保持'一致性'，”Colm Nestor，系助理教授说。临床和实验医学和该研究的首席研究员。

通过分析超过125个现有数据集，Nestor的研究小组发现DIP-seq通常检测到没有任何表观遗传标记的DNA序列。这些假阳性构成检测到的DNA区域的50-90%，并且不同数据集之间效果的大小不同。“现在我们知道了这个错误，将它减去它是非常简单的。纠正这些错误将允许从公共领域已有的大量表观遗传学数据中发现新的发现”，Colm Nestor说。

研究人员指出，以往研究的绝大多数结果都是正确的。

“我们应该继续使用这些方法，但通过使用适当的实验设计来纠正这些错误”，Colm Nestor说。