bwa和samtools的安装

楼主  收藏   举报   帖子创建时间:  2018-03-06 00:00 回复:5 关注量:197

BWA的安装
1.下载BWA
wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2/download ./
2.解压
tar jxvf bwa-0.5.9rc1.tar.bz2
3.编译

cd bwa-0.5.9rc1
make

Samtool安裝
1.下载Samtool
wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2/download ./
2.解压Samtool
tar jxvf samtools-0.1.13.tar.bz2
3.安装

cd samtools-0.1.13
make

之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面

最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH

cd
vi .bash_profile

在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径,保存退出。

重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了

祝你好运!

  • ***另外,samtools现在的版本好像不需要自己make 1970-01-01 08:00
    #1

  • ***2ybzhao 1970-01-01 08:00
    #2

    bwa 和samtools是两个软件,安装是相互独立的。最新的版本我没用过,我用到的版本samtools-0.1.17 还是需要make编译的。

  • ***1pwh 2015-04-02 00:05
    #3

    cd samtools-0.1.13输入这个指令 后 No such file or directory怎么办

  • ***1ybzhao 1970-01-01 08:00
    #4

    test

  • ***来自外部的引用: 1BreakDancer的安装与使用 1970-01-01 08:00
    #5