bwa和samtools的安装
BWA的安装
1.下载BWAwget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2/download ./
2.解压 tar jxvf bwa-0.5.9rc1.tar.bz2
3.编译
cd bwa-0.5.9rc1
make
Samtool安裝
1.下载Samtool wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2/download ./
2.解压Samtool tar jxvf samtools-0.1.13.tar.bz2
3.安装
cd samtools-0.1.13
make
之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面
最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH
cd
vi .bash_profile
在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径,保存退出。
重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了
祝你好运!
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bwa 和samtools是两个软件,安装是相互独立的。最新的版本我没用过,我用到的版本samtools-0.1.17 还是需要make编译的。
cd samtools-0.1.13输入这个指令 后 No such file or directory怎么办
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