测序类服务：宏基因组测序（全基因组测序）技术服务_转基因仪_分子生物实验仪器_仪器设备库_商城

提供商：	嘉美实验
服务名称：	测序类服务：宏基因组测序（全基因组测序）技术服务

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实验技术简介：宏基因组学是以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，通过现代基因组技术手段包括功能基因的筛选和测序分析，对环境中微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系以及环境之间的关系进行研究的新的微生物研究方法。随着高通量测序技术的发展，为宏基因组学研究提供了新的理想研究方法。高通量测序的方法无需分离环境中各种微生物，也无需构建克隆文库就可以直接对环境中所有微生物进行测序。可以真实客观的反映环境中微生物的多样性、种群结构、进化关系等。目前又可以分为针对16s DNA/18sDNA/ITS测序和针对宏基因组全序列的测序研究。下面就是对这两者的具体介绍。

16s DNA/18s DNA/ITS测序
16sDNA是最常用的微生物物种分子鉴定的标签，，通过对样品中16sDNA测序可以鉴定其中微生物物种的丰度和分布情况。目前，普遍使用Roche 454平台来对环境样品进行16s DNA测序。因为16s DNA序列比较相似，读长短的话，难以进行有效的比对，而454平台的平均读长在400bp左右，可以很好的避免此类问题。

宏基因组全测序
在这种测序方式中，我们可以假定一个环境中的所有微生物就是一个整体，然后对其中所有的微生物进行测序。这样我们就可以研究样品中的功能基因以及其在环境中所起的作用而不用关心其来自哪个微生物。可以发现新的基因，可以进行基因的预测，甚至有可能得到某个细菌基因组的全序列。此外，该项测序不单可以针对DNA水平，也可以针对全RNA进行基因表达水平的研究。我们可以根据不同的实验要求合理的选择测序平台。其中一个方法就是结合454平台和solexa平台一起。这样既可以保证足够的覆盖深度，也可以兼顾读长。

实验操作流程：
1、样品提取总DNA；
2、基因组片段化、加测序接头；
3、琼脂糖凝胶电泳回收合适大小的片段；
4、完成测序文库的制备，用Illumina Hiseq2500进行测序；
5、数据分析。

实验注意事项：
客户提供：
1、样品量：细胞样品请提供至少5×10⁶个细胞，组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。
2、样品质量：DNA无明显降解，OD260/280值在1.7～1.9之间，浓度≥ 50ng/μl。
3、样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）用液氮速冻后，-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE（PH8.0）中，-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
4、样品运输：细胞或组织样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中，密封后，冰袋运输。
5、目的基因或转录因子的相关背景资料。
交付标准：
完整项目报告（材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果）

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