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Affymetrix CytoScan HD细胞遗传学芯片服务
染色体水平的缺失、重复等变化是细胞遗传学研究的热点。以往科学家运用核型分析、荧光原位杂交（FISH）等技术已获得染色体结构变异的许多可贵进展，但这些传统技术分辨率低、且只能定性分析。Affymetrix推出CytoScanTM HD细胞遗传学芯片解决了上述问题，能够在全基因组范围内高分辨率的检测DNA拷贝数的变异。
一、产品亮点：
1. 目前密度最高的细胞遗传学芯片。含有超过270万种探针，同时具备CNV探针和SNP探针，包括 75万个SNP探针和195万个拷贝数探针。CNV探针平均覆盖全基因组，对于＞400kb的基因组结构变异检出率达99%。SNP探针进行SNP分型的准确率高于99%。
2. 不但能检测基因缺失、重复，还能检测杂合性缺失（LOH，loss of heterozygosity）和单亲源二体（UPD，uniparental isodisomy）
3. 基因覆盖全面。百分百覆盖ISCA constitutional genes、Sanger cancer genes，同时覆盖96%的RefSeq genes。
二、CytoScanTM HD芯片具体参数：
基因覆盖情况：
三、CytoScanTM HD芯片数据分析流程：
Affymetrix基因芯片数据分析流程图
数据分析说明： Affymetrix Genechip Scaner产生的原始数据Cel文件，经过Affymetrix自带软件AGCC(Affymetrix GeneChip Convert Console)将Cel文件转换成Cychp文件，Cychp文件用Affymetrix自带软件CHAS(Chromosome Analysis Suite)分析。通过和各种数据库结合，每个患者CNV的性质根据一系列完整的流程最终分成四类：临床致病性CNV（Variation of clinic significance, VCS）、临床可能致病性（Variation of possible significance, VPS）、不能解释(Variation of unknown,VUS)以及良性CNV（Benign CNV）。
四、应用案例
用基因芯片技术揭示慢性淋巴细胞白血病与10q24.32复发性等位基因缺失有关
在2012年3月美国遗传医学学院会议上，犹他大学与ARUP公司诊断实验室做了联合使用Affymetrix基因芯片分析揭示慢性淋巴细胞白血病与10q24.32复发性等位基因缺失有关的报告。慢性淋巴细胞白血病具有非常多样化的临床表型。而通过染色体的畸变类型可以判断病人属于哪种CLL亚型，评估预后以及检测残留病灶，所以正确识别相关的畸变对于病人管理具有非常重要的意义。基因芯片之所以在CLL预后的重要性中获得认可，是因为其在检测拷贝数变异（CNVs）方面具有非常高的分辨率。 此项研究中，10例CLL样本全部由CytoScan HD（Affymetrix）芯片检测CNVs。其中两个独立的样本中都发现了10q24.32的微观间质性缺失。这两个样本中检测到的缺失片段大小均在670kb左右。缺失区域包含TMEM180, ACTR1A, SUFU, TRIM8, ARL3, SFXN2, C10orf26, CYP17A1, C10orf32, AS3MT及CNNM2基因。而另一个案例检测到的10q末端缺失伴有10q24.1的断裂点。在这些基因当中，SUFU是肿瘤抑制基因，TRIM8是生长抑制基因。它们可能是该临床显著缺失区域的候选基因。 随后，为了调查这些缺失是否是CLL的普遍变化，该小组又用荧光原位杂交（Fluorescence in Situ Hybridization，FISH）的方法针对SUFU和TRIM8基因设计探针，验证了20余个CLL样本。FISH结果显示该区域的缺失在其中3例样本中有发现，而在30例样本中的总数为6个（达到20%，包括10q的大片段缺失）。类似的缺失在采用全基因组芯片对23例急性淋巴细胞白血病样本进行的分析中没有发现。这些缺失在DGV数据库中同样没有General population注释，是全新的发现。 原文：Genomic microarray analysis of chronic lymphocytic leukemia reveals a recurrent monoallelic deletion of 10q24.32. American College of Medical Genetics (ACMG) 2012, 29 March 2012, Abst #139.
