服务名称: | 蛋白结构分析蛋白结构预测与药物分子设计服务 |
规格: | C3506-10G |
提供:
1. 结构建模和利用蛋白结构进行特定分子的停泊dock
2. 蛋白定点突变的结构分析
内容:
1. 结构:
根据pdb数据库确定是否有已知的结构,是否有同源蛋白或同源结构域的结构信息。
有已知蛋白三维结构,可以直接利用,或分析后进行利用
有同源序列,通过同源建模构造蛋白结构--模拟结构(即同源建模)
同源结构零散,无法进行常规同源建模,需要对蛋白序列进行人工建模。
2. 结构分析
对蛋白功能区域和作用分子(底物,配体,亲和蛋白或抗体等)的作用分析, 结合部位和方式,
关键基团的坐标,构象,相互作用的基团之间的距离等,突变氨基酸的残基对原始结构的差异,结构的改变,作用区域的影响,对其作用分子的作用影响.
3. 对蛋白设计亲和分子进行药物设计的候选物质结构设计.
4. 其他要求
常见蛋白结构研究的困难.
1. 建模:
如何获得可靠的蛋白结构?
1. 1 根据序列分析,寻找建模的蛋白结构模板,同源性大于70%预测相对可靠。如果没有合适的模板,怎么办?如何从二结构预测三维结构。如何让同源性低于70%的模板用于预测。准确性如何评价。
1.2 野生型和突变型的结构的差异如何展示出来,是如何知道对功能有无影响。
1.3 只有对于一个蛋白只有部分可以预测, 另外的部分无法预测对蛋白结构分析有什么影响,是否可以人工添加上去呢,必要性如何。
1.4 如何根据已知结构设计配体分子,如何显示出来,有效性如何评估。
2. 价格
咨询。
团队介绍:
1. 团队由软件工程师和生物学专家组成. 拥有自主开发的蛋白结构分析和编辑软件,可以对您的结构进行自定义分析,比那些已有的商业软件在分析上有灵活的自定的功能,可以适应一些新的思路和兴趣需要;SWISS-MODEL 只能预测同源性70%以上的蛋白结构,我们可预测同源性更低的分子,并能够对非同源区域进行安装和结构优化;并能指导突变体改造方案,对已知或未知配体进行安装和分析,确定小分子结合的部位,相互作用的氨基酸;根据结构设计蛋白的结合小分子等。
2. 自主开发的可以提供三维立体蛋白结构编辑显示系统,(配戴立体眼镜)实现真正的三维显示,能够让您有更直观的对结构有所认识。
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北京尤比爱生物科技中心 www.unibiolab.net