单链构象多态性分析服务 (SSCP)

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更新: 2021-05-31
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服务名称: 单链构象多态性分析服务 (SSCP)
提供商: 云南临康生物
规格: PCR-电泳-银染
    单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象,这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的,当有一个碱基发生改变时,会或多或少地影响其空间构象,使构象发生改变,空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同.因此,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE),可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开。 该技术已被广泛用于癌基因和抗癌基因变异的检测、遗传病的致病基因分析以及基因诊断、基因制图等领域。

实验流程:
1、基因组抽提与质检; 
2、PCR扩增靶DNA;
3、将特异的PCR扩增产物变性,使之成为具有一定空间结构的单链DNA分子 ; 
4、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳; 
5、银染显色;
6、结果分析与报告。

样品要求:
1、组织样本:-20℃或-80℃低温冰箱中保存,液氮或者干冰运输。若提供的材料为新鲜组织、血液细胞等生物材料,请提供足够提取2ug以上基因DNA的材料量;
 
2、DNA样本:体积≥20ul,浓度≥100ng/ul,DNA总量≥2ug,20℃保存,低温冰袋运输;
 
3、血液样本:要求保存于抗凝管中或冻存管中,体积大于2ml,请用干冰运送,保证DNA不降解;
 
4、样品为石蜡包埋组织切片的,要求提供10张组织切片光片(面积>10mm×10mm,厚度约5-10um);

服务说明:
1、核酸片段的大小:用于SSCP分析的核酸片段越小,检测的敏感性越高。对于<200 bp的片段,SSCP可发现其中70%的变异;对于300 bp左右的片段则只能发现其中50%的变异;而>500 bp的片段,则仅能检出10%~30%的变异,因此,<300bp,尤其是150 bp左右的核酸片段更适于SSCP分析。对于大于400bp的PCR产物就需要设法进一步处理,可以用限制性酶消化PCR产物,产生小于400 bp的DNA片段,再进行SSCP分析;
 
2、游离引物: 游离引物可能同PCR产物结合而改变其泳动率,即使游离引物量为6 nM都有明显影响。因此,应尽可能除去游离引物。可以采用不对称引物扩增方法,尽可能消耗多余的引物。也可以运用过柱或磁性球方法纯化PCR产物。或者是稀释PCR产物,减少游离引物的干扰;
 
3、假阴性: 一般认为,如没有污染,PCR-SSCP分析不存在假阳性结果,但可能出现假阴性结果,后者是由于点突变引起的空间构象变化甚微,迁移率相差无几所致,尤其是点突变发生在扩增片段的两端时。如果有阳性和阴性对照,结果可以重复确定的突变带是可信的,如果没有阳性对照,应经测序来确定其是否为突变带。由于PCR-SSCP的不足之处主要是可能检出假阴性结果。应通过设置阳性对照,摸索电泳条件,假阴性结果在很大程度上是可以避免的。但对未知基因变异的检测,假阴性结果则难以完全消除。
 
我们提供:
1、合成的引物; 
2、电泳图谱; 
3、实验报告。