小RNA测序数据分析_生物信息学_分子生物学服务_技术服务库_商城

提供商：	上海若谷生物科技有限公司
服务名称：	小RNA测序数据分析
规格：	根据工作量、难度、周期确定服务价格

1.热点生物信息学分析
1)小RNA数据分析
2)转录组数据分析
3)微生物基因组分析
4)基因数字表达谱DGE分析
5）外显子组数据分析
6）全基因组数据分析
2. 基因组学相关分析
   1)序列拼接，基因组组装。
   2)序列比对，同源性搜索、物种同源分析。
   3)多序列全局比对，同源进化树构建及进化分析。
   4)EST的基因组定位，可变剪切形式确定。
5)Promoters预测与查找，CpG岛，调控元件预测等。
6)重复序列注释：SSR, STR, LINE, SINE, Transposons等。
7)基因预测及基因结构分析：真核，原核，mRNA/cDNA编码区预测。
   8)Non-Coding RNA的预测与注释：
     tRNA预测及二级结构分析
     rRNA预测
     MiRNA预测及结合靶点预测
     soRNA预测及甲基化位点预测
   9)SNP分析。
10)分子进化相关分析：分歧年代，进化树，进化压力（Ka, Ks）。
11) EST序列/一般序列分析
     序列基本分析：去除载体，污染，聚类，拼接
     表达谱分析：特异表达基因，共调控基因
     Unigene的功能注释及分类
基于EST的SNP分析
12)基因的功能注释及分类
NCBI非冗余核酸库（NT）
NCBI非冗余蛋白库（NR）
SwissProt蛋白数据库
Kegg Pathway数据库
COG/KOG蛋白家族数据库
Interpro&GO蛋白功能位点和结构域（domain）数据库
3. 蛋白质组学相关分析
1)蛋白质亲/疏水性、等电点、抗原性分析及跨膜蛋白，信号肽等性质分析和相似性分析
2)蛋白二级/三级结构预测
4. Microarray/Biochio生物芯片数据分析
1)对基因芯片的表达谱数据进行预处理与归一化分析
2)使用多种统计方法筛选具有显著性差异表达的基因
3)对差异表达基因数据进行多种聚类分析，并给出树状图
4)结合基因GO分类(gene ontology)、信号转导数据库（KEGG），进行相关路径分析、差异表达基因的功能分类、所属信号通路分类等
5. 引物/探针设计
1)核酸引物、PCR引物、测序引物及杂交探针的设计与评价
2)用于细菌种属分类的杂交探针设计
3)用于SNP检测的探针设计
4)芯片的olgio设计

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